More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1900 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  100 
 
 
216 aa  437  1e-122  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  57.89 
 
 
187 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  54.97 
 
 
208 aa  185  5e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  55.56 
 
 
191 aa  184  1e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  48.13 
 
 
195 aa  172  3e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  47.62 
 
 
200 aa  171  6e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  52.33 
 
 
593 aa  171  7e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  47.62 
 
 
217 aa  171  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  47.62 
 
 
206 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  51.16 
 
 
200 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  50 
 
 
205 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  50.58 
 
 
198 aa  167  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  50.58 
 
 
204 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  49.4 
 
 
196 aa  165  6e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  49.13 
 
 
206 aa  164  6e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  48.52 
 
 
179 aa  163  2e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  48.21 
 
 
196 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  49.44 
 
 
203 aa  159  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  49.71 
 
 
181 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  49.71 
 
 
193 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  50 
 
 
188 aa  155  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  49.15 
 
 
579 aa  155  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  49.44 
 
 
237 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  49.42 
 
 
180 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  46.81 
 
 
591 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  48.59 
 
 
200 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  55.35 
 
 
224 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  48.02 
 
 
604 aa  152  3e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  48.02 
 
 
579 aa  152  3e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  50.63 
 
 
196 aa  151  9e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  46.43 
 
 
197 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  48.02 
 
 
201 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  43.72 
 
 
192 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  52.23 
 
 
594 aa  149  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  48.72 
 
 
185 aa  149  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  48.84 
 
 
615 aa  145  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  49.7 
 
 
178 aa  145  4e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  51.46 
 
 
214 aa  144  8e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  47.62 
 
 
552 aa  142  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  37.87 
 
 
181 aa  142  5e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  45.45 
 
 
190 aa  134  1e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  41.18 
 
 
190 aa  119  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  40.96 
 
 
174 aa  116  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  39.31 
 
 
171 aa  115  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.17623e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40 
 
 
173 aa  114  1e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  43.75 
 
 
190 aa  114  1e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  38.24 
 
 
171 aa  114  2e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  38.69 
 
 
171 aa  112  4e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.06831e-08  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  39.02 
 
 
171 aa  112  4e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0270  Shikimate kinase  40.94 
 
 
184 aa  112  5e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  2.87272e-07  normal  0.701055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  111  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.34252e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  111  7e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.54257e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  111  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.13438e-09  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  111  1e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.94714e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  111  1e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.25658e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  37.43 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.58948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  41.57 
 
 
172 aa  110  1e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  42.11 
 
 
172 aa  110  1e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36.57 
 
 
174 aa  110  1e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  37.43 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.83652e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  37.43 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.0137e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  38.01 
 
 
171 aa  111  1e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.1554e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  37.43 
 
 
171 aa  110  1e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  5.58194e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.99 
 
 
173 aa  110  2e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.16276e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.99 
 
 
173 aa  109  2e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  7.52096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.99 
 
 
173 aa  109  2e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.4395e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.99 
 
 
173 aa  110  2e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.99 
 
 
173 aa  109  2e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  37.43 
 
 
171 aa  110  2e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.03243e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  37.43 
 
 
171 aa  109  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  38.79 
 
 
169 aa  109  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  39.77 
 
 
180 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  40.35 
 
 
172 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  39.18 
 
 
179 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  40.35 
 
 
172 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.41 
 
 
181 aa  109  4e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  38.6 
 
 
171 aa  108  4e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  7.02686e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40.91 
 
 
177 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40.91 
 
 
177 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40.91 
 
 
177 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40.91 
 
 
177 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  40.91 
 
 
209 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  40.91 
 
 
199 aa  108  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.46 
 
 
199 aa  108  5e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  40 
 
 
192 aa  108  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.84 
 
 
172 aa  108  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40.91 
 
 
177 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  40.91 
 
 
184 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  41.1 
 
 
184 aa  108  6e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  40.26 
 
 
195 aa  108  7e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.42 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.42 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.93059e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.02 
 
 
172 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.42 
 
 
225 aa  107  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.28588e-09  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.42 
 
 
173 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.09 
 
 
180 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.01 
 
 
180 aa  107  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>