More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1559 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  55.23 
 
 
720 aa  772    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  100 
 
 
730 aa  1488    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  45.4 
 
 
748 aa  621  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  38.87 
 
 
733 aa  425  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 
710 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 
785 aa  253  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 
792 aa  239  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
780 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 
720 aa  234  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
809 aa  226  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
790 aa  223  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 
761 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 
736 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
749 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
741 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 
734 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 
730 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 
723 aa  211  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 
729 aa  211  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
769 aa  209  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
794 aa  207  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 
787 aa  207  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
777 aa  207  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
790 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 
784 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 
764 aa  203  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  29.33 
 
 
739 aa  201  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 
825 aa  201  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
761 aa  201  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 
762 aa  200  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 
726 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
775 aa  198  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 
753 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
722 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
724 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
765 aa  194  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 
758 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
755 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  26.37 
 
 
754 aa  191  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
806 aa  190  9e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  26.66 
 
 
695 aa  189  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
704 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 
817 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3473  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 
786 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
783 aa  188  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 
763 aa  188  4e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
732 aa  188  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  28.74 
 
 
741 aa  187  8e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  27.64 
 
 
759 aa  187  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 
722 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
780 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 
730 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
780 aa  184  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
771 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
728 aa  181  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
779 aa  181  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 
775 aa  181  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 
725 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 
746 aa  179  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 
769 aa  179  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 
712 aa  178  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 
758 aa  178  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
717 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
755 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 
747 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 
751 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 
767 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  24.75 
 
 
809 aa  174  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  25.83 
 
 
755 aa  173  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
756 aa  173  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  25.03 
 
 
751 aa  173  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
702 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 
713 aa  172  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 
771 aa  171  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 
774 aa  171  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  26.33 
 
 
776 aa  171  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 
743 aa  170  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
731 aa  170  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 
759 aa  170  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 
778 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 
728 aa  168  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 
796 aa  167  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 
743 aa  167  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 
732 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
758 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 
780 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  26.08 
 
 
776 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  28.46 
 
 
767 aa  165  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 
777 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 
730 aa  165  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
803 aa  164  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
757 aa  163  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 
713 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 
726 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
778 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3091  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
779 aa  162  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308245  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26.89 
 
 
715 aa  161  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2469  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 
843 aa  161  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 
771 aa  160  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
808 aa  159  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>