More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1186 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  100 
 
 
634 aa  1258    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  40.64 
 
 
618 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  37.06 
 
 
623 aa  356  7.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  37.54 
 
 
641 aa  333  7.000000000000001e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  32.38 
 
 
634 aa  267  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  29.54 
 
 
646 aa  234  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  32.66 
 
 
611 aa  228  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 
611 aa  225  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.02 
 
 
613 aa  218  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 
642 aa  212  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  30.73 
 
 
634 aa  208  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  29.17 
 
 
673 aa  207  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  28.85 
 
 
671 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  29.78 
 
 
638 aa  200  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.79 
 
 
614 aa  197  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.79 
 
 
614 aa  197  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.79 
 
 
614 aa  197  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  31.25 
 
 
616 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.64 
 
 
614 aa  195  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.64 
 
 
614 aa  196  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.95 
 
 
614 aa  195  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.45 
 
 
616 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
690 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.05 
 
 
695 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.79 
 
 
623 aa  187  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  30.76 
 
 
655 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.69 
 
 
1023 aa  184  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.38 
 
 
614 aa  183  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.38 
 
 
614 aa  184  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.38 
 
 
631 aa  184  6e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.08 
 
 
628 aa  183  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.38 
 
 
614 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 
682 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.42 
 
 
614 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
692 aa  183  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30.44 
 
 
617 aa  182  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.19 
 
 
615 aa  182  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.23 
 
 
614 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2063  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 
645 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.785465  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
632 aa  180  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  28.46 
 
 
680 aa  180  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.97 
 
 
630 aa  179  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.97 
 
 
630 aa  179  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 
625 aa  178  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 
670 aa  177  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  28.82 
 
 
662 aa  177  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.25 
 
 
645 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  27.9 
 
 
617 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.39 
 
 
619 aa  173  7.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  29.91 
 
 
615 aa  172  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 
627 aa  171  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.72 
 
 
615 aa  170  9e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.7 
 
 
616 aa  169  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0628  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  27.22 
 
 
638 aa  168  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288278  normal  0.81106 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 
626 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.22 
 
 
631 aa  165  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
627 aa  164  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.34 
 
 
614 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 
602 aa  164  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 
626 aa  163  8.000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 
714 aa  163  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  27.87 
 
 
656 aa  161  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 
619 aa  160  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 
647 aa  160  7e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  29.83 
 
 
628 aa  160  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 
614 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 
637 aa  157  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 
632 aa  155  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  29.12 
 
 
628 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.9 
 
 
613 aa  154  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  28.67 
 
 
627 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 
648 aa  152  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  28.59 
 
 
623 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  28.28 
 
 
641 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 
638 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 
640 aa  147  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  26.21 
 
 
659 aa  147  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 
627 aa  146  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  26.08 
 
 
620 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
698 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  26.12 
 
 
697 aa  145  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
617 aa  145  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  27.13 
 
 
650 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27 
 
 
630 aa  144  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  26.98 
 
 
650 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  26.45 
 
 
639 aa  140  6e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  26.84 
 
 
650 aa  140  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  26.84 
 
 
650 aa  140  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 
613 aa  139  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  26.84 
 
 
650 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 
621 aa  138  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  26.28 
 
 
641 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  29.01 
 
 
612 aa  134  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  26.24 
 
 
640 aa  134  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 
627 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 
602 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 
614 aa  130  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1278  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 
571 aa  129  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.354768  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  25.65 
 
 
622 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
624 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>