More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1153 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  100 
 
 		 357 aa  698    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  57.38 
 
 		 356 aa  340  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  53.12 
 
 		 369 aa  315  9e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.07 
 
 		 385 aa  292  8e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  49.73 
 
 		 384 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  48.66 
 
 		 385 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  47.23 
 
 		 374 aa  286  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  48.68 
 
 		 391 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  50.14 
 
 		 412 aa  284  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  48.12 
 
 		 374 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  49.46 
 
 		 382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  49.46 
 
 		 382 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  49.2 
 
 		 378 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  46.88 
 
 		 384 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  46.76 
 
 		 379 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  47.57 
 
 		 384 aa  265  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  47.57 
 
 		 384 aa  264  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  47.59 
 
 		 378 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  47.57 
 
 		 387 aa  262  6.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  46.2 
 
 		 374 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  47.44 
 
 		 398 aa  258  9e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  47.17 
 
 		 385 aa  256  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  47.18 
 
 		 379 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  46.13 
 
 		 378 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  48.08 
 
 		 363 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  47.28 
 
 		 363 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  47.76 
 
 		 368 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  49.06 
 
 		 379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  46.52 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  42.25 
 
 		 378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  42.24 
 
 		 357 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  41.88 
 
 		 361 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  43.67 
 
 		 392 aa  232  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  43.82 
 
 		 358 aa  232  8.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  48.37 
 
 		 403 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  41.52 
 
 		 375 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  45.33 
 
 		 378 aa  219  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.24 
 
 		 384 aa  209  9e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  46.22 
 
 		 373 aa  203  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  43.68 
 
 		 375 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  43.6 
 
 		 379 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  30.99 
 
 		 365 aa  185  9e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  29.86 
 
 		 372 aa  173  5e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  29.51 
 
 		 372 aa  172  6.999999999999999e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.11 
 
 		 376 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  30.11 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.71 
 
 		 370 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.18 
 
 		 386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  27.3 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  29.67 
 
 		 361 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  29.95 
 
 		 361 aa  125  9e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.87 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.46 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  29.74 
 
 		 368 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  123  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  29.12 
 
 		 361 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  29.28 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  28.45 
 
 		 357 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  28.45 
 
 		 357 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  28.45 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  29.67 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  28.45 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  25.99 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  28.65 
 
 		 360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  28.45 
 
 		 357 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.38 
 
 		 377 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  23.18 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.4 
 
 		 372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  26.58 
 
 		 374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  23.73 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  30.05 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  29.67 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  29.67 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  26.86 
 
 		 374 aa  116  5e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  29.4 
 
 		 361 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  27.4 
 
 		 358 aa  115  7.999999999999999e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  23.71 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  24.21 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  24.21 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  23.53 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  29 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.13 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  26.65 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.37 
 
 		 372 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.59 
 
 		 370 aa  113  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  28.37 
 
 		 357 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  26.37 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  25.35 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  25.35 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.88 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.53 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.19 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.24 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>