More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1060 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2878  excinuclease ABC, C subunit  50.7 
 
 
682 aa  653    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1362  excinuclease ABC subunit C  51.76 
 
 
704 aa  646    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0420  excinuclease ABC subunit C  56.44 
 
 
620 aa  689    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000882939  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3713  excinuclease ABC, C subunit  52.41 
 
 
668 aa  642    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0699  excinuclease ABC subunit C  53.07 
 
 
690 aa  638    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4491  excinuclease ABC subunit C  69.97 
 
 
642 aa  905    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.191027 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0782  excinuclease ABC subunit C  56.2 
 
 
674 aa  670    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191761  normal  0.0714693 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1086  excinuclease ABC subunit C  55.43 
 
 
680 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000501867 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1558  excinuclease ABC subunit C  54.55 
 
 
690 aa  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367704  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0690  excinuclease ABC subunit C  53.24 
 
 
690 aa  640    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.485523  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1074  excinuclease ABC subunit C  54.69 
 
 
623 aa  684    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.969621  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2735  excinuclease ABC subunit C  54.85 
 
 
623 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.0935486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1232  excinuclease ABC subunit C  55.75 
 
 
680 aa  659    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000101228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2220  excinuclease ABC subunit C  54.86 
 
 
639 aa  690    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0021269  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1177  excinuclease ABC subunit C  51.99 
 
 
695 aa  647    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.8668  normal  0.100977 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1060  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
658 aa  1346    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.41739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3919  excinuclease ABC subunit C  54.43 
 
 
631 aa  676    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5405  excinuclease ABC, C subunit  50.71 
 
 
688 aa  643    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0901  excinuclease ABC subunit C  51.61 
 
 
699 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.686054  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1281  excinuclease ABC subunit C  51.36 
 
 
695 aa  640    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280524  normal  0.136737 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4277  excinuclease ABC subunit C  53.65 
 
 
634 aa  640    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.471865 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2520  excinuclease ABC subunit C  53.37 
 
 
635 aa  667    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1082  excinuclease ABC subunit C  68.67 
 
 
644 aa  909    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2652  excinuclease ABC, C subunit  53.21 
 
 
668 aa  637    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0644  excinuclease ABC subunit C  56.65 
 
 
631 aa  696    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1975  excinuclease ABC subunit C  54.88 
 
 
653 aa  674    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2859  excinuclease ABC subunit C  55.07 
 
 
623 aa  680    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.41177  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3001  excinuclease ABC, C subunit  50.86 
 
 
700 aa  654    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0046  excinuclease ABC subunit C  53.02 
 
 
629 aa  640    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.714841  hitchhiker  0.00962006 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0772  excinuclease ABC subunit C  52.78 
 
 
633 aa  642    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00962744  normal  0.347624 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2276  excinuclease ABC, C subunit  54.26 
 
 
644 aa  668    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3104  excinuclease ABC, C subunit  50.55 
 
 
682 aa  651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.299342  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1712  excinuclease ABC, C subunit  51.72 
 
 
692 aa  635    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2589  excinuclease ABC subunit C  53.27 
 
 
691 aa  649    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0718587  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2312  excinuclease ABC subunit C  56.16 
 
 
623 aa  667    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0516  excinuclease ABC subunit C  49.92 
 
 
658 aa  629  1e-179  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1728  excinuclease ABC subunit C  50.08 
 
 
688 aa  625  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0415792 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3146  excinuclease ABC subunit C  50.8 
 
 
690 aa  624  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.055346  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2526  excinuclease ABC subunit C  51.04 
 
 
666 aa  617  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1434  excinuclease ABC, C subunit  49.6 
 
 
679 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  45.94 
 
 
611 aa  518  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2344  excinuclease ABC, C subunit  52.1 
 
 
779 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.77277  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1907  excinuclease ABC subunit C  47.01 
 
 
609 aa  508  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  45.5 
 
 
613 aa  503  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1879  excinuclease ABC subunit C  44.33 
 
 
617 aa  487  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000011349  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  44.04 
 
 
623 aa  476  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  44.04 
 
 
608 aa  476  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  44.55 
 
 
607 aa  473  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  42.72 
 
 
608 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  42.72 
 
 
608 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3023  excinuclease ABC, C subunit  42.41 
 
 
607 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3066  excinuclease ABC subunit C  42.08 
 
 
607 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1804  excinuclease ABC subunit C  43.12 
 
 
599 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.919457  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25040  excinuclease ABC subunit C  42.47 
 
 
607 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4098  excinuclease ABC subunit C  42.05 
 
 
607 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125966  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1644  excinuclease ABC subunit C  40.69 
 
 
599 aa  457  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2374  excinuclease ABC subunit C  42.55 
 
 
607 aa  458  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.483342  normal  0.0306932 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1145  excinuclease ABC, C subunit  39.14 
 
 
613 aa  458  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000360051  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3374  excinuclease ABC subunit C  42.05 
 
 
607 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2896  excinuclease ABC subunit C  41.58 
 
 
607 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189646  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1766  excinuclease ABC subunit C  41.89 
 
 
607 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829 
 
 
-
 
NC_002978  WD0154  excinuclease ABC subunit C  38.24 
 
 
605 aa  451  1e-125  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.168899  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0701  excinuclease ABC subunit C  43.73 
 
 
598 aa  451  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.233077 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  39.53 
 
 
612 aa  450  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3671  excinuclease ABC subunit C  41.92 
 
 
585 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159711  hitchhiker  0.0000000375345 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1192  excinuclease ABC, C subunit  40.92 
 
 
619 aa  443  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0751579  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00582  excinuclease ABC subunit C  43.79 
 
 
618 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  39.77 
 
 
607 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1403  excinuclease ABC subunit C  43.62 
 
 
614 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.252536  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2011  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000678771  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  38.61 
 
 
626 aa  432  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2146  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  433  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000023615  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1040  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  432  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000190411  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1174  excinuclease ABC subunit C  39.37 
 
 
610 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294093  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16210  excinuclease ABC, C subunit  38.75 
 
 
607 aa  434  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0283958  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1270  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000021646  hitchhiker  0.000709379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2109  excinuclease ABC subunit C  39.37 
 
 
610 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0217985  hitchhiker  0.00000000000000291711 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2685  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000130785  normal  0.0663039 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1726  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  432  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000100265  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1733  excinuclease ABC, C subunit  38.91 
 
 
610 aa  432  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110405  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2161  excinuclease ABC subunit C  39.47 
 
 
610 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138205  hitchhiker  0.0000000035589 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1271  excinuclease ABC subunit C  42 
 
 
606 aa  429  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1297  excinuclease ABC subunit C  39.37 
 
 
610 aa  432  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000512015  hitchhiker  0.00000387597 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2102  excinuclease ABC subunit C  39.37 
 
 
610 aa  432  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000495467  normal  0.0150424 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1519  excinuclease ABC subunit C  38.74 
 
 
610 aa  427  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0983209  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  40.53 
 
 
603 aa  428  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1316  excinuclease ABC subunit C  41.11 
 
 
627 aa  427  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.235211  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1410  excinuclease ABC subunit C  41.11 
 
 
621 aa  427  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2668  excinuclease ABC subunit C  38.91 
 
 
610 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0146387  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1216  excinuclease ABC subunit C  39.77 
 
 
607 aa  421  1e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.423233  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  38.74 
 
 
609 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0063  excinuclease ABC, C subunit  38.84 
 
 
641 aa  419  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_999  excinuclease ABC, C subunit  39.51 
 
 
607 aa  420  1e-116  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1849  excinuclease ABC subunit C  38.35 
 
 
610 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109871  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1954  excinuclease ABC subunit C  38.35 
 
 
609 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00983646  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2355  excinuclease ABC subunit C  38.16 
 
 
617 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0361706  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2306  excinuclease ABC subunit C  41.47 
 
 
605 aa  418  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.391453  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1334  excinuclease ABC subunit C  39.5 
 
 
609 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000285239  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  39.21 
 
 
604 aa  416  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  39.31 
 
 
606 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>