More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0447 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  100 
 
 
222 aa  442  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  61.26 
 
 
227 aa  266  2e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  62.39 
 
 
250 aa  259  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  49.48 
 
 
224 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  44.76 
 
 
240 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  46.67 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  46.19 
 
 
228 aa  161  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  45.37 
 
 
234 aa  161  9e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  42.45 
 
 
234 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  45.28 
 
 
239 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  44.24 
 
 
249 aa  156  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  44.13 
 
 
264 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  44.81 
 
 
239 aa  155  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  41.43 
 
 
255 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  46.93 
 
 
224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  37.55 
 
 
264 aa  144  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  42.11 
 
 
223 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  41.67 
 
 
223 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  42.11 
 
 
223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  37.55 
 
 
560 aa  130  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  41.15 
 
 
223 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  39.09 
 
 
376 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  39.44 
 
 
218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
313 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.23 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  37.07 
 
 
329 aa  128  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  38.03 
 
 
223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.04 
 
 
290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  33.09 
 
 
292 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  40.88 
 
 
319 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.67 
 
 
316 aa  125  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  38.54 
 
 
551 aa  125  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.2 
 
 
322 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  36.28 
 
 
306 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.07 
 
 
312 aa  123  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.5 
 
 
368 aa  123  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  35.81 
 
 
318 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  38.02 
 
 
551 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 
319 aa  123  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.82 
 
 
316 aa  122  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  37.62 
 
 
218 aa  122  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  41.28 
 
 
224 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  40.8 
 
 
549 aa  123  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  37.97 
 
 
329 aa  122  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  36.8 
 
 
318 aa  122  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  39.19 
 
 
316 aa  122  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.57 
 
 
311 aa  122  6e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.39 
 
 
215 aa  121  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  38.39 
 
 
215 aa  121  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  39.9 
 
 
223 aa  121  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  46.72 
 
 
322 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.56 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.27 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.57 
 
 
311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  39.39 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.61 
 
 
300 aa  119  3e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.21 
 
 
217 aa  119  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  39.39 
 
 
223 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  43.65 
 
 
332 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.43 
 
 
327 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.63 
 
 
195 aa  119  3.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  40.19 
 
 
227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.82 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  43.24 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  40.2 
 
 
295 aa  118  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.51 
 
 
301 aa  118  7e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.02 
 
 
313 aa  118  7.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 
300 aa  117  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.91 
 
 
330 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.5 
 
 
312 aa  117  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  41.85 
 
 
320 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  37.37 
 
 
217 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  39.3 
 
 
331 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.87 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  38.38 
 
 
207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  35.26 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.04 
 
 
217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  37.91 
 
 
215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  35.27 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  36.84 
 
 
217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  38.74 
 
 
315 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  36.87 
 
 
412 aa  116  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  36.25 
 
 
323 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
320 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  39.02 
 
 
548 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  36.07 
 
 
305 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  39.18 
 
 
217 aa  115  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.54 
 
 
326 aa  115  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  38.2 
 
 
339 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.31 
 
 
333 aa  115  6.9999999999999995e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  37.23 
 
 
339 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  39.05 
 
 
296 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.27 
 
 
302 aa  114  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  38.61 
 
 
219 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  41.44 
 
 
215 aa  114  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.42 
 
 
302 aa  114  7.999999999999999e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>