More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0015 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0015  biopolymer transport ExbD protein  100 
 
 
162 aa  333  9e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0806  biopolymer transport ExbD protein  46.91 
 
 
173 aa  143  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274891 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0119  biopolymer transport-like protein  49.68 
 
 
160 aa  134  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0532523  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 
141 aa  94.4  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.03 
 
 
137 aa  80.9  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1119  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.31 
 
 
144 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.75 
 
 
139 aa  78.6  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.218457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.19 
 
 
141 aa  77  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  37.89 
 
 
143 aa  75.1  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.05 
 
 
138 aa  74.7  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0813  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.06 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.39 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.39 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.26 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.12 
 
 
137 aa  71.6  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4354  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.02 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.39 
 
 
140 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.19 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0440021  normal  0.632014 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3233  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
142 aa  68.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.03 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.94 
 
 
143 aa  68.2  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.67 
 
 
140 aa  68.2  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.67 
 
 
136 aa  67  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.3 
 
 
140 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  31.21 
 
 
143 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.57 
 
 
142 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.3 
 
 
142 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.57 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.39 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.03 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.3 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.57 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.3 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.12 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.61 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.61 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.61 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.61 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.83 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.76 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.76 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.76 
 
 
140 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.65 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.26 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.03 
 
 
135 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  27.5 
 
 
145 aa  62.8  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.38 
 
 
146 aa  62  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.12 
 
 
143 aa  62  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1052  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
156 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
141 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  29.94 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
140 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
141 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.95 
 
 
143 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
139 aa  60.1  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.66 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.11 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  27.85 
 
 
140 aa  59.7  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2163  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
131 aa  59.3  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0401461  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.94 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  27.39 
 
 
140 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.66 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  30.57 
 
 
139 aa  58.9  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  27.74 
 
 
139 aa  58.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.19 
 
 
166 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0197  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.17 
 
 
145 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.058797  normal  0.711097 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  30.13 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.85 
 
 
141 aa  56.6  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2237  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.39 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1210  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.03 
 
 
178 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  30.82 
 
 
148 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3451  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.39 
 
 
176 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141094  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  32.05 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  32.05 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03474  biopolymer transport ExbD1 protein  29.81 
 
 
129 aa  55.5  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.4 
 
 
144 aa  55.5  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.94 
 
 
139 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  31.01 
 
 
150 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  31.01 
 
 
150 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3416  ExbD/TolR family transport energizing protein  28.39 
 
 
172 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  27.44 
 
 
140 aa  55.1  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.94 
 
 
139 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 
141 aa  54.7  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 
140 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  28.85 
 
 
154 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.85 
 
 
154 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.22 
 
 
153 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.13 
 
 
151 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  30.77 
 
 
146 aa  53.9  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1757  biopolymer transport ExbD protein  30.13 
 
 
145 aa  53.9  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  26.45 
 
 
139 aa  53.9  0.0000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  29.68 
 
 
158 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>