More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_4352 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  100 
 
 
313 aa  605  9.999999999999999e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  87.14 
 
 
312 aa  484  1e-136  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  48.39 
 
 
321 aa  245  4.9999999999999997e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  47.02 
 
 
495 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  50.97 
 
 
311 aa  236  3e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  49.84 
 
 
436 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  45.07 
 
 
358 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  43.18 
 
 
311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  44.73 
 
 
477 aa  211  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  40.82 
 
 
376 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  41.72 
 
 
831 aa  190  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  41.72 
 
 
815 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.89 
 
 
316 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.59 
 
 
797 aa  180  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 
758 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 
758 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  40.32 
 
 
758 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  39.35 
 
 
766 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  41.08 
 
 
759 aa  178  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  37.22 
 
 
320 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.36 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  40.56 
 
 
816 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.19 
 
 
861 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  39.53 
 
 
329 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  39.53 
 
 
329 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  37.9 
 
 
763 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  41.23 
 
 
847 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  38.92 
 
 
828 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  34.18 
 
 
845 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  35.65 
 
 
646 aa  162  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.25 
 
 
608 aa  161  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.26 
 
 
896 aa  158  9e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  40.45 
 
 
852 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  36.31 
 
 
644 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  32.64 
 
 
309 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  38.98 
 
 
845 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.71 
 
 
877 aa  152  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.38 
 
 
778 aa  152  7e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.28 
 
 
534 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  34.3 
 
 
657 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.18 
 
 
902 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  37.26 
 
 
351 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  30.79 
 
 
895 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.48 
 
 
855 aa  149  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.02 
 
 
954 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.14 
 
 
684 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  35.35 
 
 
343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.29 
 
 
656 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.84 
 
 
822 aa  147  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 
847 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.83 
 
 
840 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  36.16 
 
 
882 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  32.69 
 
 
818 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.96 
 
 
856 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.5 
 
 
871 aa  142  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  38.49 
 
 
658 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  34.77 
 
 
603 aa  141  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.33 
 
 
940 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  35.25 
 
 
918 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  32.81 
 
 
834 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.35 
 
 
847 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 
848 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  35.85 
 
 
1001 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.22 
 
 
858 aa  139  7e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  33.64 
 
 
651 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  33.12 
 
 
658 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  29.32 
 
 
327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.33 
 
 
865 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  34.52 
 
 
837 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  32.5 
 
 
343 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  37.42 
 
 
683 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  32.7 
 
 
930 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.9 
 
 
847 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.78 
 
 
863 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  35.06 
 
 
883 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  30.28 
 
 
911 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.39 
 
 
867 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 
914 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  34.29 
 
 
851 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 
881 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  32.09 
 
 
651 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  31.76 
 
 
888 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  37.42 
 
 
936 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 
866 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  32.09 
 
 
843 aa  132  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.42 
 
 
936 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.83 
 
 
896 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  30.89 
 
 
882 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.88 
 
 
832 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  37.29 
 
 
825 aa  129  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  32.82 
 
 
845 aa  129  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  29.04 
 
 
813 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.61 
 
 
864 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 
833 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  33.75 
 
 
871 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.49 
 
 
872 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  34.81 
 
 
901 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.62 
 
 
868 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  30.87 
 
 
914 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  28.75 
 
 
324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>