More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_3427 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  93.31 
 
 		 314 aa  541  1e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  67.54 
 
 		 310 aa  424  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.53 
 
 		 308 aa  422  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  68.44 
 
 		 312 aa  421  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  70.2 
 
 		 309 aa  422  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  66.67 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 308 aa  408  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  67.33 
 
 		 312 aa  405  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  71.95 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  71.99 
 
 		 313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.98 
 
 		 309 aa  402  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  67.88 
 
 		 309 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  67 
 
 		 308 aa  398  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  67.44 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 308 aa  396  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  69.01 
 
 		 315 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  66.56 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  67.99 
 
 		 309 aa  392  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  64.9 
 
 		 309 aa  388  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.33 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.33 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.33 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  68.2 
 
 		 307 aa  384  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.16 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  64.9 
 
 		 308 aa  375  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  61.64 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.13 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  66.56 
 
 		 310 aa  366  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.18 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.18 
 
 		 312 aa  365  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  63.97 
 
 		 308 aa  359  3e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  65.25 
 
 		 311 aa  350  2e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.94 
 
 		 308 aa  341  1e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.51 
 
 		 320 aa  330  2e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 		 321 aa  276  4e-73  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.04 
 
 		 331 aa  225  9e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  56.12 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.32 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.83 
 
 		 327 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.64 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.85 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.53 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.86 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 315 aa  203  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  44.08 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.64 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.23 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.41 
 
 		 325 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.23 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.59 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.69 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 		 320 aa  193  3e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.95 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  35.79 
 
 		 300 aa  192  9e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 		 352 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.46 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39.4 
 
 		 344 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.46 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.46 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  40.38 
 
 		 352 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 		 327 aa  189  7e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.98 
 
 		 326 aa  189  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  40.38 
 
 		 352 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 302 aa  189  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.46 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.11 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.01 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  36.09 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  38.63 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.11 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.53 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  39.75 
 
 		 331 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 		 327 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 343 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.23 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.43 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  40.78 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.77 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>