More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_3209 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
320 aa  619  1e-176  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  93.1 
 
 
319 aa  544  1e-154  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  57.59 
 
 
316 aa  296  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  54.86 
 
 
304 aa  265  5.999999999999999e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  55.28 
 
 
291 aa  264  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  48.98 
 
 
307 aa  255  8e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  49.28 
 
 
320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  47.04 
 
 
333 aa  237  2e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  47.84 
 
 
327 aa  230  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  43.51 
 
 
315 aa  228  8e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  46.3 
 
 
304 aa  220  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  46.34 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  46.07 
 
 
304 aa  219  6e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  41.9 
 
 
299 aa  205  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
280 aa  204  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  41.02 
 
 
312 aa  196  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  42.29 
 
 
299 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  41.64 
 
 
298 aa  187  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  40.15 
 
 
285 aa  179  8e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32.26 
 
 
281 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 
284 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 
284 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
284 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  38.81 
 
 
342 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0318  transcriptional regulator, RpiR family  39.33 
 
 
335 aa  162  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
284 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
289 aa  156  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
284 aa  155  7e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  36.01 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  32.03 
 
 
293 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
285 aa  146  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  31.02 
 
 
292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
292 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
292 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
292 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
282 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.97 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  31.29 
 
 
279 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
283 aa  136  4e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  31.27 
 
 
274 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.6 
 
 
287 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.71 
 
 
282 aa  134  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
293 aa  133  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
281 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.96 
 
 
280 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25.54 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  30.92 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.81 
 
 
282 aa  126  6e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  28.52 
 
 
273 aa  125  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
287 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
281 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
280 aa  123  5e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
282 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
280 aa  123  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
306 aa  122  7e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  33.22 
 
 
287 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
338 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
278 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
273 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
285 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  29.59 
 
 
283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.86 
 
 
282 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.86 
 
 
282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
638 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 
286 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31.21 
 
 
281 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
638 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 
279 aa  119  9e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
284 aa  119  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 
279 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  29.46 
 
 
278 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  33.69 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 
287 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
642 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.07 
 
 
290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>