More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_0829 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1148 aa  661    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1164 aa  664    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1148 aa  714    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.89 
 
 		 1157 aa  706    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  65.86 
 
 		 1188 aa  1445    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1178 aa  786    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.07 
 
 		 1155 aa  681    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  43.75 
 
 		 1169 aa  655    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1137 aa  674    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1151 aa  638    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1176 aa  734    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1207 aa  669    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1148 aa  663    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1164 aa  664    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1148 aa  648    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.09 
 
 		 1165 aa  725    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1176 aa  736    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1178 aa  734    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1176 aa  731    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1148 aa  662    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1153 aa  666    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1153 aa  666    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1218 aa  2422    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1157 aa  654    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  66.11 
 
 		 1210 aa  1535    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1176 aa  734    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 		 1165 aa  647    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  42.54 
 
 		 1265 aa  755    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.55 
 
 		 1179 aa  725    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1188 aa  667    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1176 aa  752    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1157 aa  661    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1161 aa  708    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.79 
 
 		 1211 aa  1299    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1192 aa  658    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1148 aa  663    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1192 aa  636    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41 
 
 		 1158 aa  754    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1164 aa  642    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.51 
 
 		 1159 aa  639    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1176 aa  736    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1148 aa  650    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1153 aa  682    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1156 aa  655    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1179 aa  659    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.1 
 
 		 1183 aa  765    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 		 1176 aa  733    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  65.68 
 
 		 1208 aa  1444    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1148 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1166 aa  672    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.58 
 
 		 1153 aa  642    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1148 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1134 aa  683    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.79 
 
 		 1169 aa  801    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1148 aa  717    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1179 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1176 aa  731    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1150 aa  643    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1148 aa  648    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1182 aa  710    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1193 aa  657    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1196 aa  736    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.71 
 
 		 1211 aa  1296    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1174 aa  686    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  42.99 
 
 		 1246 aa  771    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1148 aa  662    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  56.35 
 
 		 1198 aa  1237    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1162 aa  775    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1162 aa  770    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1164 aa  654    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  34.84 
 
 		 1180 aa  642    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  62.03 
 
 		 1193 aa  1425    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1148 aa  661    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1159 aa  729    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.23 
 
 		 1168 aa  695    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1154 aa  666    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1157 aa  661    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  55.23 
 
 		 1234 aa  1234    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  52.46 
 
 		 1194 aa  1166    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1162 aa  678    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1165 aa  678    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 		 1179 aa  636    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  35.89 
 
 		 1168 aa  648    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  58.39 
 
 		 1222 aa  1347    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.23 
 
 		 1168 aa  695    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1189 aa  684    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1198 aa  685    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1157 aa  655    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  62.01 
 
 		 1192 aa  1366    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1177 aa  731    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  94.58 
 
 		 1216 aa  2259    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  65.3 
 
 		 1224 aa  1498    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1165 aa  788    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  56.71 
 
 		 1211 aa  1296    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  56.57 
 
 		 1212 aa  1280    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  40.37 
 
 		 1207 aa  733    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>