More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3536 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  100 
 
 
224 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  73.21 
 
 
224 aa  337  9e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.82 
 
 
224 aa  323  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.27 
 
 
229 aa  322  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.86 
 
 
224 aa  318  4e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.73 
 
 
225 aa  308  5e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.25 
 
 
229 aa  307  8e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.81 
 
 
230 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.69 
 
 
229 aa  305  4e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.38 
 
 
230 aa  304  9e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.81 
 
 
230 aa  302  2e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.38 
 
 
228 aa  301  7e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  65.5 
 
 
230 aa  301  7e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.38 
 
 
228 aa  300  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  63.72 
 
 
226 aa  288  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.97 
 
 
230 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.79 
 
 
242 aa  221  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  50.45 
 
 
237 aa  219  2e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  45.29 
 
 
228 aa  212  3e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.41 
 
 
235 aa  212  3e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  46.05 
 
 
230 aa  208  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  47.77 
 
 
238 aa  204  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.78 
 
 
223 aa  201  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  53.47 
 
 
209 aa  201  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  42.54 
 
 
230 aa  194  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  44.93 
 
 
232 aa  193  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.7 
 
 
238 aa  192  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 
279 aa  171  6e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  43.33 
 
 
178 aa  153  2e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 
305 aa  106  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.66 
 
 
300 aa  97.4  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.2 
 
 
300 aa  97.1  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.93 
 
 
333 aa  96.3  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  30.7 
 
 
300 aa  96.7  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  28.64 
 
 
303 aa  96.3  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  34.83 
 
 
314 aa  95.9  5e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  31.14 
 
 
302 aa  94.4  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.01 
 
 
322 aa  94  2e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
297 aa  93.2  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  42.45 
 
 
295 aa  93.2  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.92 
 
 
543 aa  92.8  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  30.96 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.7 
 
 
300 aa  92.4  5e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  36.41 
 
 
346 aa  92.4  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.17 
 
 
302 aa  92  6e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  30.7 
 
 
300 aa  92  6e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  38.97 
 
 
306 aa  91.7  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.57 
 
 
322 aa  91.7  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.68 
 
 
310 aa  91.7  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  31.28 
 
 
304 aa  91.7  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  33.52 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  32.99 
 
 
224 aa  90.9  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  34.06 
 
 
263 aa  91.3  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  36.53 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 
297 aa  90.1  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.98 
 
 
227 aa  90.1  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 
297 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.14 
 
 
285 aa  90.5  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  32.23 
 
 
295 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  30.7 
 
 
300 aa  89.7  3e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.05 
 
 
302 aa  89.7  3e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 
308 aa  89.4  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.08 
 
 
221 aa  89.4  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  31.43 
 
 
305 aa  89.4  4e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.85 
 
 
293 aa  89  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  35.93 
 
 
239 aa  89  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  33.16 
 
 
222 aa  89  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 
320 aa  88.6  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.48 
 
 
350 aa  89  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.34 
 
 
331 aa  88.6  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.05 
 
 
330 aa  88.6  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 
314 aa  88.2  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  34.38 
 
 
354 aa  88.2  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  36.05 
 
 
329 aa  88.2  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  33.8 
 
 
224 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  30.28 
 
 
264 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  33.5 
 
 
301 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
240 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  34.03 
 
 
548 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 
327 aa  87.4  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 
299 aa  86.7  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  33.5 
 
 
302 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  33.86 
 
 
249 aa  87  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  39.19 
 
 
307 aa  86.7  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  32.26 
 
 
349 aa  87.4  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  31.5 
 
 
321 aa  87  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  33.96 
 
 
245 aa  87  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  38.37 
 
 
520 aa  87  2e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
363 aa  87  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  34.01 
 
 
228 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  35.63 
 
 
302 aa  87  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.52 
 
 
276 aa  86.3  3e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  34.41 
 
 
345 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.55 
 
 
368 aa  86.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.86 
 
 
308 aa  86.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  30.85 
 
 
303 aa  85.9  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.79 
 
 
218 aa  85.9  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  34.25 
 
 
334 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.22 
 
 
299 aa  85.9  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.29 
 
 
319 aa  85.5  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>