More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3448 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3448  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  100 
 
 		 400 aa  789    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3588  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  71.46 
 
 		 400 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3750  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.52 
 
 		 402 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3823  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.01 
 
 		 402 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0325  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  74.25 
 
 		 402 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  69.75 
 
 		 400 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3948  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.01 
 
 		 402 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0297  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  69.75 
 
 		 401 aa  566  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.169159  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  69.25 
 
 		 400 aa  567  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4138  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  71.72 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0196  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  71.72 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  71.72 
 
 		 402 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0763382 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0196  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  71.72 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  68.5 
 
 		 400 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4555  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  75.25 
 
 		 402 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3494  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  69.19 
 
 		 402 aa  556  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.61895  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0543  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily protein  67 
 
 		 400 aa  518  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00469398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2992  MFS transporter  46.25 
 
 		 401 aa  341  1e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2445  putative multidrug resistance protein  45.96 
 
 		 400 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002080  putative multidrug resistance protein  44.81 
 
 		 397 aa  299  5e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00358  permease  44.81 
 
 		 423 aa  299  6e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2509  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  48.66 
 
 		 389 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2254  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.31 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.95 
 
 		 400 aa  229  9e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.799827  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_2744  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  43.5 
 
 		 397 aa  227  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000519122 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2106  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.39 
 
 		 397 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.758817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1996  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.39 
 
 		 397 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.91 
 
 		 392 aa  179  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.15 
 
 		 401 aa  172  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_5141  multidrug efflux system protein MdtL  33.72 
 
 		 391 aa  171  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4219  multidrug efflux system protein MdtL  33.72 
 
 		 391 aa  170  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03594  multidrug efflux system protein  33.72 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4212  multidrug efflux system protein MdtL  33.72 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3924  multidrug efflux system protein MdtL  33.72 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03538  hypothetical protein  33.72 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4284  multidrug efflux system protein MdtL  33.72 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4257  major facilitator superfamily MFS_1  33.72 
 
 		 391 aa  169  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4077  multidrug efflux system protein MdtL  33.72 
 
 		 391 aa  169  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4128  multidrug efflux system protein MdtL  33.05 
 
 		 395 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.505152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4071  multidrug efflux system protein MdtL  33.33 
 
 		 395 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706345  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4178  multidrug efflux system protein MdtL  33.05 
 
 		 395 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.576296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4056  multidrug efflux system protein MdtL  33.33 
 
 		 395 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829312  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A4235  multidrug efflux system protein MdtL  32.77 
 
 		 395 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.02 
 
 		 394 aa  165  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
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NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.15 
 
 		 398 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.91 
 
 		 401 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4021  multidrug efflux system protein MdtL  31.09 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  33.15 
 
 		 398 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4147  multidrug efflux system protein MdtL  30.71 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2359  hypothetical protein  33.92 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2505  hypothetical protein  33.92 
 
 		 371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.24 
 
 		 393 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3587  multidrug efflux system protein MdtL  30.77 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1329  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.06 
 
 		 398 aa  160  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00139075  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1271  multidrug resistance transporter, Bcr family  31.06 
 
 		 398 aa  160  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0103038  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.13 
 
 		 461 aa  159  7e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.87 
 
 		 411 aa  159  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2204  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.83 
 
 		 402 aa  159  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001150  putative multidrug resistance protein  30.14 
 
 		 396 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00286721  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.1 
 
 		 405 aa  159  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.9 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1232  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.24 
 
 		 396 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.45 
 
 		 424 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  32.86 
 
 		 393 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.86 
 
 		 393 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  37.32 
 
 		 414 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35 
 
 		 412 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20220  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.71 
 
 		 415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.179817 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.88 
 
 		 414 aa  152  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.97 
 
 		 405 aa  152  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.5 
 
 		 409 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1320  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.53 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.6 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3550  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.73 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.45 
 
 		 401 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  32.33 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6060  Bcr/CflA family drug resistance transporter  31.02 
 
 		 414 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.12 
 
 		 409 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2519  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.62 
 
 		 399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.632928 
 
 
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NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.96 
 
 		 399 aa  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.08 
 
 		 404 aa  146  5e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
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NC_011092  SeSA_B0064  chloramphenicol resistance protein  30.71 
 
 		 419 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.629663 
 
 
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NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.94 
 
 		 405 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  30.75 
 
 		 426 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
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NC_008254  Meso_3944  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.15 
 
 		 401 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.82 
 
 		 411 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.21 
 
 		 409 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  32.22 
 
 		 392 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1335  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.64 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.409904  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  35.61 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.94 
 
 		 424 aa  143  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.21 
 
 		 417 aa  143  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_0109  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.87 
 
 		 409 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  31.94 
 
 		 392 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.42 
 
 		 400 aa  142  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.82 
 
 		 403 aa  142  9e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
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NC_008541  Arth_3242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.38 
 
 		 425 aa  142  9e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_5152  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.55 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600108 
 
 
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NC_010506  Swoo_2329  multidrug resistance protein D  29.89 
 
 		 408 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000177786  normal  0.11383 
 
 
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NC_009664  Krad_4430  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.21 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0528088  normal  1 
 
 
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