266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3413 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  100 
 
 		 356 aa  716    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  57.7 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  34.59 
 
 		 371 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  39.39 
 
 		 372 aa  229  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  37.08 
 
 		 366 aa  229  4e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  26.99 
 
 		 348 aa  203  3e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  27.42 
 
 		 361 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  28.49 
 
 		 366 aa  186  4e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  26.09 
 
 		 380 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  25.56 
 
 		 398 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.73 
 
 		 390 aa  94.7  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.91 
 
 		 374 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  24.19 
 
 		 389 aa  93.2  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.66 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.66 
 
 		 389 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  23.14 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  24.73 
 
 		 389 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  25.13 
 
 		 502 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.65 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.1 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.69 
 
 		 399 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.46 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  24.24 
 
 		 407 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  26.15 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  23.98 
 
 		 396 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  26.03 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  26.53 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  26.16 
 
 		 396 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  23.7 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.18 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  23.7 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  25.54 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  23.25 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  26.83 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.53 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.88 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  23.89 
 
 		 519 aa  79.3  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  26.02 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 370 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  26.02 
 
 		 370 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  23.21 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  25.85 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.27 
 
 		 575 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.67 
 
 		 518 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.64 
 
 		 385 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 501 aa  76.6  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.98 
 
 		 525 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  31.96 
 
 		 506 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.61 
 
 		 849 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  28.51 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  21.94 
 
 		 403 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  24.64 
 
 		 783 aa  73.6  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.35 
 
 		 850 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  27.63 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  27.6 
 
 		 376 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.41 
 
 		 843 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.63 
 
 		 377 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  25.22 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.24 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  28.33 
 
 		 529 aa  71.2  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  25 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.48 
 
 		 506 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  24.65 
 
 		 393 aa  69.7  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.45 
 
 		 534 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.55 
 
 		 388 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.88 
 
 		 533 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  29.38 
 
 		 506 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.56 
 
 		 850 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  25.55 
 
 		 521 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  25.35 
 
 		 546 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  26.84 
 
 		 362 aa  67  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.46 
 
 		 444 aa  67  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 559 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.85 
 
 		 534 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  24.04 
 
 		 539 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  30.15 
 
 		 559 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.8 
 
 		 559 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  20.44 
 
 		 391 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  24.2 
 
 		 844 aa  65.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.62 
 
 		 506 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.94 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.73 
 
 		 627 aa  64.7  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.5 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  24.53 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  23.47 
 
 		 840 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  22.93 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  22.52 
 
 		 496 aa  63.9  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  20.8 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  22.8 
 
 		 542 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.76 
 
 		 526 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  24.34 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.87 
 
 		 529 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  22.47 
 
 		 527 aa  63.2  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  20.73 
 
 		 497 aa  63.2  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  24.23 
 
 		 565 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  26.36 
 
 		 397 aa  62.8  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.99 
 
 		 842 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.35 
 
 		 503 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>