More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3382 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  69.45 
 
 		 454 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  100 
 
 		 459 aa  937    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  67.91 
 
 		 454 aa  629  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  68.57 
 
 		 454 aa  630  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  68.57 
 
 		 454 aa  630  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  68.57 
 
 		 454 aa  629  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  68.57 
 
 		 454 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  68.57 
 
 		 454 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  68.13 
 
 		 453 aa  627  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  68.35 
 
 		 454 aa  623  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  68.57 
 
 		 454 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  68.35 
 
 		 454 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  66.81 
 
 		 459 aa  620  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  67.47 
 
 		 454 aa  615  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  62.64 
 
 		 455 aa  598  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  43.55 
 
 		 568 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  41.35 
 
 		 557 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  41.35 
 
 		 557 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  42.13 
 
 		 562 aa  293  6e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  39.65 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 615 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  37.79 
 
 		 563 aa  277  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  38.83 
 
 		 457 aa  276  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 557 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  41.58 
 
 		 551 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  41.39 
 
 		 524 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  39.42 
 
 		 559 aa  261  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  39.57 
 
 		 457 aa  252  9.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 563 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 		 563 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  40.32 
 
 		 563 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  41.74 
 
 		 561 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 565 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 451 aa  219  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  37.59 
 
 		 591 aa  213  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 453 aa  210  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  34.27 
 
 		 427 aa  179  8e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  25.23 
 
 		 448 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.25 
 
 		 518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  30.03 
 
 		 518 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  31.71 
 
 		 565 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  31.42 
 
 		 565 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  29.83 
 
 		 580 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 570 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  27.35 
 
 		 609 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  26.29 
 
 		 448 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  28.04 
 
 		 443 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  27.89 
 
 		 501 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  27.33 
 
 		 584 aa  97.8  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  29.07 
 
 		 590 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  29.07 
 
 		 590 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  26.39 
 
 		 450 aa  96.7  8e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  25.54 
 
 		 446 aa  96.3  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  27.27 
 
 		 609 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  27.91 
 
 		 593 aa  95.5  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  26.06 
 
 		 435 aa  94.4  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  27.35 
 
 		 453 aa  94  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  27.91 
 
 		 466 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  26.76 
 
 		 569 aa  92  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  27.36 
 
 		 458 aa  85.5  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2003  acetate--CoA ligase  28.73 
 
 		 650 aa  83.6  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807811  hitchhiker  0.00673553 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  26.97 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3935  acetate--CoA ligase  28.03 
 
 		 650 aa  77  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.82655  normal  0.289959 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  26.01 
 
 		 411 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3513  acetyl-CoA synthetase  26.21 
 
 		 664 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2604  acetyl-CoA synthetase  25.72 
 
 		 664 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2789  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 		 384 aa  69.3  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5037  acetate/CoA ligase  25.4 
 
 		 656 aa  68.6  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1685  acetyl-CoA synthetase  25.41 
 
 		 666 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 		 497 aa  68.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  23.85 
 
 		 518 aa  67.8  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 517 aa  67.4  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3887  acetyl-CoA synthetase  24.07 
 
 		 657 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3826  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 		 700 aa  67  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2371  acetyl-CoA synthetase  23.71 
 
 		 655 aa  66.6  0.0000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.46 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1206  acetyl-CoA synthetase  23.67 
 
 		 657 aa  65.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1352  acetyl-CoA synthetase  22.94 
 
 		 656 aa  65.5  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0172568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1138  acetate--CoA ligase  23.76 
 
 		 657 aa  65.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0550  acetyl-CoA synthetase  24.27 
 
 		 667 aa  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0200961  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  28.71 
 
 		 394 aa  64.7  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0518  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  25.14 
 
 		 485 aa  64.3  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0664  acetyl-CoA synthetase  25.14 
 
 		 667 aa  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2322  propionyl-CoA synthetase  21.74 
 
 		 631 aa  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709656  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1139  acetyl-coenzyme A synthetase  25.79 
 
 		 657 aa  63.2  0.000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0597  acetyl-CoA synthetase  24.01 
 
 		 657 aa  63.5  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  23.28 
 
 		 492 aa  62.8  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0756  acetate--CoA ligase  23.62 
 
 		 634 aa  62.8  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2230  acetate/CoA ligase  30.71 
 
 		 680 aa  62  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1843  acetyl-CoA synthetase  22.25 
 
 		 666 aa  62  0.00000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1578  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 528 aa  62.4  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.24195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36010  acetyl-CoA synthetase  25.31 
 
 		 663 aa  61.6  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.107334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3830  bifunctional acyl-[acyl carrier protein] synthetase/2-acylglycerophosphoethanolamine acyltransferase  24.66 
 
 		 717 aa  61.6  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.847419  normal  0.748941 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1286  acetate/CoA ligase  22.36 
 
 		 658 aa  61.6  0.00000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  hitchhiker  0.00108265  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2717  AMP-dependent synthetase and ligase  26.59 
 
 		 544 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  23.73 
 
 		 466 aa  61.2  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.431608 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2880  acetate--CoA ligase  24.03 
 
 		 664 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287628  normal  0.570573 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0526  acetate/CoA ligase  24.88 
 
 		 649 aa  60.8  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0270  acetyl-CoA synthetase  21.19 
 
 		 667 aa  60.8  0.00000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  27.43 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>