277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3334 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00649  ornithine decarboxylase isozyme, inducible  69.68 
 
 		 732 aa  1082    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889551  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  67.87 
 
 		 711 aa  1033    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0715  ornithine decarboxylase  69.82 
 
 		 732 aa  1084    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139092  normal  0.847041 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0730  Ornithine decarboxylase  67.59 
 
 		 711 aa  1026    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2944  Ornithine decarboxylase  69.68 
 
 		 732 aa  1084    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0749  ornithine decarboxylase  67.59 
 
 		 711 aa  1026    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0757526 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3109  ornithine decarboxylase  67.59 
 
 		 711 aa  1031    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.015732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  67.32 
 
 		 711 aa  1016    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001092  ornithine decarboxylase  68.29 
 
 		 715 aa  999    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4053  ornithine decarboxylase  85.56 
 
 		 720 aa  1325    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3210  ornithine decarboxylase  68.51 
 
 		 717 aa  1021    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0314  ornithine decarboxylase  85.83 
 
 		 720 aa  1327    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04833  ornithine decarboxylase  68.21 
 
 		 726 aa  992    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0718  ornithine decarboxylase  70.1 
 
 		 735 aa  1090    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000376053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4047  ornithine decarboxylase  71.25 
 
 		 720 aa  1079    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.388924  normal  0.452479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0509  ornithine decarboxylase  75.38 
 
 		 723 aa  1170    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  66.48 
 
 		 730 aa  986    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  70.04 
 
 		 717 aa  1031    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0748  ornithine decarboxylase  71.07 
 
 		 732 aa  1096    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2075  ornithine decarboxylase  60.72 
 
 		 726 aa  940    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0179  ornithine decarboxylase  87.92 
 
 		 720 aa  1348    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0809  ornithine decarboxylase  71.07 
 
 		 732 aa  1096    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  67.73 
 
 		 711 aa  1021    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0822  ornithine decarboxylase  71.07 
 
 		 732 aa  1096    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3289  ornithine decarboxylase  67.87 
 
 		 711 aa  1025    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00321092 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0761  ornithine decarboxylase  71.07 
 
 		 732 aa  1095    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.905284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3975  ornithine decarboxylase  85.69 
 
 		 720 aa  1328    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00641  hypothetical protein  69.68 
 
 		 732 aa  1082    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.94656  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  67.87 
 
 		 711 aa  1033    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4358  ornithine decarboxylase  60.56 
 
 		 739 aa  932    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3515  ornithine decarboxylase  60.58 
 
 		 726 aa  935    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.207065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0858  ornithine decarboxylase  71.07 
 
 		 732 aa  1096    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1157  ornithine decarboxylase  61.87 
 
 		 753 aa  939    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00332446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  67.45 
 
 		 711 aa  1021    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.86478 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1573  ornithine decarboxylase  70.75 
 
 		 719 aa  1080    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  70.83 
 
 		 720 aa  1094    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3667  ornithine decarboxylase  86.53 
 
 		 720 aa  1337    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0278  ornithine decarboxylase  86.39 
 
 		 720 aa  1337    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5195  ornithine decarboxylase  52.23 
 
 		 787 aa  717    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208108  normal  0.398466 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  69.9 
 
 		 717 aa  1028    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3311  ornithine decarboxylase  67.73 
 
 		 711 aa  1033    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3033  ornithine decarboxylase  68.28 
 
 		 717 aa  1016    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4008  ornithine decarboxylase  60.56 
 
 		 739 aa  932    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3871  ornithine decarboxylase  86.53 
 
 		 720 aa  1337    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0955234 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3334  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 720 aa  1503    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6445  ornithine decarboxylase  48.39 
 
 		 787 aa  694    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.621476  normal  0.414615 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  67.59 
 
 		 711 aa  1031    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  67.45 
 
 		 711 aa  1026    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3679  ornithine decarboxylase  86.25 
 
 		 720 aa  1334    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3126  ornithine decarboxylase  67.59 
 
 		 711 aa  1028    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0785  ornithine decarboxylase  70.24 
 
 		 735 aa  1093    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4084  ornithine decarboxylase  85.69 
 
 		 720 aa  1328    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  70.83 
 
 		 720 aa  1094    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4171  ornithine decarboxylase  85.69 
 
 		 720 aa  1328    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0159  ornithine decarboxylase  70.97 
 
 		 720 aa  1097    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000171989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2963  ornithine decarboxylase  69.82 
 
 		 732 aa  1085    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.988103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1205  ornithine decarboxylase  69.86 
 
 		 742 aa  1093    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000054905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  68.98 
 
 		 711 aa  1042    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0745  ornithine decarboxylase  45.62 
 
 		 778 aa  624  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.184647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0286  Orn/Lys/Arg decarboxylase major region  44.44 
 
 		 786 aa  619  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134594  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0993  ornithine decarboxylase  43.67 
 
 		 781 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.683317 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3377  ornithine decarboxylase protein  44.33 
 
 		 785 aa  605  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  43.67 
 
 		 781 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0640  ornithine decarboxylase  43.71 
 
 		 785 aa  595  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0934  Ornithine decarboxylase  43.56 
 
 		 785 aa  598  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.839278 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1881  arginine/lysine/ornithine decarboxylase  41.63 
 
 		 699 aa  594  1e-168  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000741442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4404  ornithine decarboxylase  42.88 
 
 		 781 aa  590  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.155721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2341  Ornithine decarboxylase  42.86 
 
 		 785 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.788512  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3132  ornithine decarboxylase  42.92 
 
 		 785 aa  586  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0928  ornithine decarboxylase  43.36 
 
 		 785 aa  579  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.335055  normal  0.352812 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  42.74 
 
 		 779 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  36.09 
 
 		 762 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  35.19 
 
 		 769 aa  386  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  34.45 
 
 		 767 aa  386  1e-106  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  381  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  33.38 
 
 		 754 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  33.43 
 
 		 756 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  33.67 
 
 		 766 aa  379  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  35.43 
 
 		 751 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  35.13 
 
 		 751 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  34.38 
 
 		 742 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2106  ornithine decarboxylase  32.81 
 
 		 747 aa  374  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.543581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  32.83 
 
 		 757 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  33.38 
 
 		 794 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  33.38 
 
 		 794 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  34.12 
 
 		 759 aa  371  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  34.84 
 
 		 749 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  33.24 
 
 		 766 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  33.04 
 
 		 759 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  32.62 
 
 		 761 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  31.7 
 
 		 755 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000345453  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  32.47 
 
 		 761 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  32.01 
 
 		 755 aa  368  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>