More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3218 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  63.23 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  62.89 
 
 		 308 aa  362  6e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 310 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 305 aa  360  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  62.89 
 
 		 308 aa  360  2e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 305 aa  358  7e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 309 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 308 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 301 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 304 aa  332  4e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  51.96 
 
 		 307 aa  323  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  47.49 
 
 		 299 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 323 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  47.83 
 
 		 302 aa  295  5e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  45.15 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 304 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.86 
 
 		 307 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 310 aa  275  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 309 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 299 aa  265  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  47.96 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 299 aa  259  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 296 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.3 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  44.62 
 
 		 319 aa  242  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 324 aa  241  9e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  42.99 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 307 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.21 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 341 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 325 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 325 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 310 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 211 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.52 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.01 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  34.47 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>