43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3140 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3140  ABC 3 transport family protein  100 
 
 
251 aa  481  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3462  ABC-3 protein  79.2 
 
 
259 aa  374  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0567  ABC-3 protein  79.2 
 
 
255 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0568  ABC-3 protein  79.2 
 
 
255 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0566  ABC 3 transport family protein  78 
 
 
259 aa  368  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3309  ABC-3 protein  80.41 
 
 
262 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.224275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4332  ABC-3 protein  75.7 
 
 
265 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3515  ABC-3 protein  75.3 
 
 
261 aa  362  4e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0618  ABC-3 protein  78.54 
 
 
286 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.087201  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3797  ABC-3 protein  78.8 
 
 
266 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48799  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3740  ABC-3 protein  78.8 
 
 
266 aa  345  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.298841  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3923  ABC-3 protein  78.8 
 
 
266 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00893533  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0528  ABC-3 protein  78.8 
 
 
266 aa  344  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0449  ABC-3 protein  76.4 
 
 
263 aa  342  4e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.856508  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0529  hypothetical protein  70.16 
 
 
263 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00670346  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3714  ABC-3 protein  74.49 
 
 
263 aa  323  2e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06464  hypothetical protein  42.8 
 
 
264 aa  181  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000604  zinc ABC transporter permease protein ZnuB  39.92 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000103291  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2539  zinc/manganese transport system permease protein  49.79 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.421777  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1547  ABC-3 protein  33.07 
 
 
249 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363711  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0050  putative manganese transport system permease protein  34.89 
 
 
249 aa  105  8e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2782  ABC-3 protein  36.4 
 
 
466 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18330  ABC-3 protein  25.83 
 
 
277 aa  52.8  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000262372  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4744  ABC-3 protein  28.27 
 
 
285 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1444  hypothetical protein  30 
 
 
239 aa  47  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00097924  normal  0.0494808 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1889  ABC 3 transport family protein  24.44 
 
 
266 aa  45.8  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2775  high-affinity zinc transporter membrane component  31.25 
 
 
261 aa  45.4  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000664264  hitchhiker  0.0068137 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0177  cation ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
267 aa  43.9  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3598  ABC-3 protein  30.05 
 
 
274 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3180  ABC-3 protein  39.73 
 
 
272 aa  44.3  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131337  normal  0.114587 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1456  ABC-3 protein  25.68 
 
 
291 aa  44.3  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3940  ABC-3 protein  25 
 
 
272 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0593953 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3532  ABC-3 protein  29.51 
 
 
274 aa  43.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3890  ABC-3 protein  25 
 
 
272 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5102  ABC-3 protein  28.72 
 
 
288 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.593949  normal  0.159747 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4717  hypothetical protein  28.72 
 
 
288 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2421  ABC Mn2+/Zn2+ transporter,inner membrane subunit  29.44 
 
 
276 aa  43.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4803  ABC-3 protein  28.72 
 
 
288 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3044  ABC-3 protein  29.26 
 
 
289 aa  42.7  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00612109  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2066  ABC-3 protein  28.57 
 
 
304 aa  42  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5318  ABC-3 protein  27.03 
 
 
285 aa  42.4  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2096  ABC-3 protein  40.3 
 
 
270 aa  42  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0153  cation ABC transporter, permease protein  28.04 
 
 
267 aa  42  0.009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>