279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3088 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  63.43 
 
 
477 aa  639  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  62.42 
 
 
477 aa  639  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
493 aa  1016  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  66.4 
 
 
493 aa  684  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0686  RNA polymerase factor sigma-54  83.06 
 
 
492 aa  798  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296089  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  66.46 
 
 
477 aa  656  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0726  RNA polymerase factor sigma-54  78.24 
 
 
497 aa  759  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.157671 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3616  RNA polymerase factor sigma-54  82.96 
 
 
487 aa  784  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0182429  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  79.6 
 
 
495 aa  778  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.23268e-05  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  64.85 
 
 
477 aa  652  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  63.23 
 
 
477 aa  640  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  63.64 
 
 
477 aa  640  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0716  RNA polymerase factor sigma-54  83.06 
 
 
492 aa  798  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0421657  normal  0.335083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  63.43 
 
 
477 aa  639  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0707  RNA polymerase factor sigma-54  83.06 
 
 
492 aa  798  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.649387  normal  0.0460401 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0672  RNA polymerase factor sigma-54  81.41 
 
 
491 aa  788  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151414  normal  0.0700122 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3668  RNA polymerase factor sigma-54  83.06 
 
 
492 aa  797  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000539977  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  66.46 
 
 
477 aa  655  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  66.46 
 
 
477 aa  656  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  64.57 
 
 
489 aa  637  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0673  RNA polymerase factor sigma-54  81.21 
 
 
491 aa  786  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0705505  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  81.41 
 
 
491 aa  788  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3377  RNA polymerase factor sigma-54  79.19 
 
 
494 aa  765  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.205873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  64.65 
 
 
477 aa  650  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  66.46 
 
 
477 aa  656  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  65.94 
 
 
497 aa  664  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  64.96 
 
 
505 aa  669  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  63.84 
 
 
477 aa  655  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  80.28 
 
 
493 aa  772  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4240  RNA polymerase factor sigma-54  79.07 
 
 
493 aa  766  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  2.6352e-05 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  64.19 
 
 
491 aa  635  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  63.43 
 
 
477 aa  639  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3961  RNA polymerase factor sigma-54  82.02 
 
 
491 aa  795  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  66.46 
 
 
477 aa  656  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0715  RNA polymerase factor sigma-54  82.63 
 
 
491 aa  792  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.80568e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  64.85 
 
 
477 aa  652  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  61.69 
 
 
478 aa  631  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  63.36 
 
 
489 aa  633  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  63.64 
 
 
477 aa  634  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  62.5 
 
 
487 aa  615  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  59.41 
 
 
511 aa  595  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  58.98 
 
 
507 aa  586  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  57.37 
 
 
482 aa  581  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  58.88 
 
 
497 aa  576  1e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  58.28 
 
 
497 aa  573  1e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  57.88 
 
 
497 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  57.29 
 
 
511 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  59.8 
 
 
497 aa  561  1e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  57.09 
 
 
497 aa  561  1e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  57.88 
 
 
497 aa  564  1e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  57.68 
 
 
497 aa  563  1e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  57.88 
 
 
497 aa  564  1e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  57.57 
 
 
484 aa  561  1e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  57.61 
 
 
489 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  54.81 
 
 
508 aa  549  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.6 
 
 
505 aa  550  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  58.7 
 
 
488 aa  540  1e-152  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.11 
 
 
491 aa  517  1e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  52.17 
 
 
487 aa  507  1e-142  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  48.69 
 
 
464 aa  482  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  48.89 
 
 
464 aa  484  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.7 
 
 
497 aa  473  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.31 
 
 
508 aa  473  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  50.39 
 
 
502 aa  454  1e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  47.79 
 
 
475 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.79 
 
 
475 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2226  sigma-54 RpoN  49.02 
 
 
477 aa  429  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  45.78 
 
 
488 aa  431  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  47.58 
 
 
478 aa  421  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
513 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  45.58 
 
 
513 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
513 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
502 aa  400  1e-110  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
502 aa  402  1e-110  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
502 aa  402  1e-110  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  44.58 
 
 
501 aa  401  1e-110  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
513 aa  400  1e-110  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1205  sigma-54 (RpoN)  44.38 
 
 
500 aa  402  1e-110  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  45 
 
 
502 aa  402  1e-110  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  45.82 
 
 
493 aa  400  1e-110  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  46.15 
 
 
499 aa  400  1e-110  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  44.69 
 
 
501 aa  399  1e-110  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  44.29 
 
 
501 aa  400  1e-110  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  45.29 
 
 
503 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  45.94 
 
 
503 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  45.51 
 
 
501 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  45.29 
 
 
503 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  45.36 
 
 
505 aa  398  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  44.9 
 
 
498 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  44.9 
 
 
498 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  44.49 
 
 
501 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  45.51 
 
 
492 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  45.2 
 
 
489 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  43.97 
 
 
505 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>