More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3057 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  100 
 
 		 364 aa  743    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  79.61 
 
 		 358 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  79.61 
 
 		 358 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  79.61 
 
 		 358 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  79.34 
 
 		 358 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  78.3 
 
 		 358 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  78.79 
 
 		 358 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  78.51 
 
 		 358 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  77.13 
 
 		 358 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  78.24 
 
 		 358 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  78.24 
 
 		 358 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  76.37 
 
 		 358 aa  566  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  74.73 
 
 		 358 aa  559  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  75 
 
 		 358 aa  552  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  72.97 
 
 		 372 aa  550  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  72.18 
 
 		 363 aa  544  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  62.04 
 
 		 375 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  62.04 
 
 		 366 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  61.86 
 
 		 361 aa  436  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  60.34 
 
 		 358 aa  434  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  56.62 
 
 		 359 aa  421  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  56.62 
 
 		 359 aa  423  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  56.62 
 
 		 360 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0754  alanine racemase  57.75 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000492133  normal  0.112637 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  57.91 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3854  alanine racemase  57.46 
 
 		 359 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00269497  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  58.19 
 
 		 359 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0257  alanine racemase  57.91 
 
 		 359 aa  415  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3764  alanine racemase  57.46 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118138  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4504  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  57.91 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4641  alanine racemase  58.19 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.291614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4590  alanine racemase  57.91 
 
 		 359 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0708  alanine racemase  55.24 
 
 		 358 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0740  alanine racemase  55.9 
 
 		 358 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  53.65 
 
 		 358 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0939  alanine racemase  52.66 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  50.14 
 
 		 357 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  49.86 
 
 		 357 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  49.3 
 
 		 357 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  49.31 
 
 		 357 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  43.3 
 
 		 364 aa  332  6e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  49.03 
 
 		 365 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  49.86 
 
 		 357 aa  329  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  48.45 
 
 		 357 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  42.74 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  48.46 
 
 		 356 aa  325  6e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  48.75 
 
 		 357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  48.75 
 
 		 358 aa  318  6e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  319  6e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  49.02 
 
 		 356 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  47.92 
 
 		 368 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  48.46 
 
 		 361 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  47.91 
 
 		 358 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  46.39 
 
 		 362 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  48.21 
 
 		 363 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  47.09 
 
 		 357 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  46.72 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  47.63 
 
 		 358 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  47.9 
 
 		 356 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  47.9 
 
 		 356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  45.22 
 
 		 357 aa  309  5e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0652  alanine racemase  47.61 
 
 		 364 aa  309  5e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  45.22 
 
 		 357 aa  308  6.999999999999999e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  47.03 
 
 		 364 aa  308  6.999999999999999e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  44.79 
 
 		 378 aa  307  1.0000000000000001e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1734  alanine racemase  45.68 
 
 		 359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229212  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  45.89 
 
 		 365 aa  307  2.0000000000000002e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  47.62 
 
 		 356 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  47.9 
 
 		 356 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  47.62 
 
 		 356 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  47.62 
 
 		 356 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  47.62 
 
 		 356 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  46.93 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  46.8 
 
 		 374 aa  305  7e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  46.94 
 
 		 361 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  47.61 
 
 		 357 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  48.18 
 
 		 356 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  46.85 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  44.63 
 
 		 361 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  48.17 
 
 		 356 aa  296  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  46.58 
 
 		 375 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  46.03 
 
 		 374 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  44.69 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  44.69 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>