More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3048 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  82.72 
 
 
435 aa  751  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  83.41 
 
 
435 aa  734  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.13836e-08  hitchhiker  8.82186e-11 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  78.7 
 
 
432 aa  697  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.29322e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  82.95 
 
 
435 aa  750  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.09945e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  84.1 
 
 
435 aa  760  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.45313e-06  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  83.41 
 
 
435 aa  734  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.84345e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  83.41 
 
 
435 aa  734  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.21601e-07  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  83.49 
 
 
434 aa  748  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.35514e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  77.98 
 
 
441 aa  683  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.83275e-07  unclonable  1.04798e-10 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  78.08 
 
 
448 aa  681  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.76987e-07  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  84.1 
 
 
435 aa  759  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.56355e-08  hitchhiker  5.11139e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  76.71 
 
 
443 aa  696  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  6.11538e-05  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  100 
 
 
432 aa  880  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  9.73822e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  84.1 
 
 
435 aa  758  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  5.55232e-06  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  80.93 
 
 
431 aa  694  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  83.41 
 
 
435 aa  734  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.08694e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  49.56 
 
 
462 aa  426  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.44286e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  50.68 
 
 
442 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.01167e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  50.8 
 
 
438 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.58125e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  50.11 
 
 
441 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  50 
 
 
449 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  49.09 
 
 
436 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.14483e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  49.32 
 
 
445 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  47.38 
 
 
444 aa  357  2e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  41.82 
 
 
489 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  41.82 
 
 
489 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  43.29 
 
 
493 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  43.29 
 
 
493 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  41.82 
 
 
489 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  41.82 
 
 
489 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  43.29 
 
 
493 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  43.29 
 
 
495 aa  330  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  43.29 
 
 
495 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  43.29 
 
 
493 aa  331  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.29 
 
 
493 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  43.29 
 
 
493 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  41.82 
 
 
489 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  42.82 
 
 
495 aa  328  1e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  42.86 
 
 
463 aa  328  2e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  41.49 
 
 
497 aa  325  9e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  42.45 
 
 
464 aa  323  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  42.45 
 
 
464 aa  323  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  41.76 
 
 
494 aa  323  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  42.38 
 
 
463 aa  319  7e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  6.73159e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  41.18 
 
 
469 aa  318  1e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  41.29 
 
 
470 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  42.93 
 
 
465 aa  318  2e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.94 
 
 
461 aa  265  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  37.13 
 
 
454 aa  264  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  38.19 
 
 
440 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  34.63 
 
 
455 aa  249  5e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  34.4 
 
 
455 aa  246  5e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.34 
 
 
449 aa  244  2e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.6 
 
 
477 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.41 
 
 
478 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.5 
 
 
616 aa  236  7e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  34.5 
 
 
616 aa  235  9e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  35.35 
 
 
479 aa  235  1e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.68 
 
 
494 aa  235  1e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.23 
 
 
477 aa  234  2e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.51 
 
 
450 aa  234  2e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  35 
 
 
477 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  36 
 
 
480 aa  233  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.82 
 
 
479 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.01 
 
 
468 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  35.31 
 
 
493 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  34.52 
 
 
481 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.08 
 
 
441 aa  223  6e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  34.12 
 
 
482 aa  222  1e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  37.62 
 
 
479 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.81 
 
 
477 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.53 
 
 
480 aa  215  1e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.07 
 
 
489 aa  215  1e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.27 
 
 
497 aa  214  2e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.35 
 
 
434 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  33.64 
 
 
437 aa  208  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.56 
 
 
452 aa  202  1e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.9 
 
 
405 aa  202  1e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.62 
 
 
453 aa  201  2e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  33.33 
 
 
452 aa  199  8e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.43 
 
 
442 aa  197  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  33.93 
 
 
484 aa  195  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.37 
 
 
445 aa  194  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.73 
 
 
447 aa  193  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.64 
 
 
453 aa  193  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.62 
 
 
491 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.21 
 
 
446 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.78 
 
 
450 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.98 
 
 
452 aa  190  3e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  31.84 
 
 
443 aa  189  6e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.11 
 
 
491 aa  187  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0744  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.43 
 
 
449 aa  187  4e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.291612  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.26 
 
 
488 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.21 
 
 
512 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.07 
 
 
469 aa  186  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.11 
 
 
478 aa  184  2e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.08 
 
 
446 aa  182  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.48 
 
 
446 aa  179  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  1.51154e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  31.8 
 
 
451 aa  178  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.43 
 
 
455 aa  173  5e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>