283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2950 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  100 
 
 		 321 aa  659    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.44 
 
 		 320 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  61.76 
 
 		 320 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.44 
 
 		 320 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  62.07 
 
 		 318 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.13 
 
 		 320 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.56 
 
 		 318 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.07 
 
 		 318 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.62 
 
 		 318 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.13 
 
 		 318 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  58.88 
 
 		 321 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  55.49 
 
 		 320 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  57.14 
 
 		 323 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  57.01 
 
 		 320 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  55.9 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  57.58 
 
 		 318 aa  368  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  42.9 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  42.9 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  41.04 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  42.9 
 
 		 330 aa  222  8e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002488  glycine cleavage T-protein  39.74 
 
 		 322 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.923355  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  41.59 
 
 		 326 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  42.77 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  42.45 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  42.45 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  42.45 
 
 		 326 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  41.51 
 
 		 326 aa  215  7e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  40.97 
 
 		 326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  36.09 
 
 		 324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3031  putative global regulator  41.19 
 
 		 326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3319  putative global regulator  41.19 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  41.19 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  41.19 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3057  putative global regulator  41.19 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  41.19 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02693  hypothetical protein  41.19 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.345451  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3306  folate-binding protein YgfZ  40.45 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.81 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  40.84 
 
 		 330 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.39 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  39.35 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3431  folate-binding protein YgfZ  40.32 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0851  putative global regulator  38.83 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0637  putative global regulator  37.94 
 
 		 333 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  37.46 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2049  hypothetical protein  36.69 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0149  putative global regulator  29.64 
 
 		 325 aa  157  3e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.423985  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.07 
 
 		 354 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  33.77 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.41 
 
 		 348 aa  152  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1294  aminomethyl transferase  32.2 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  32.71 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  35.85 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  33.55 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  34.41 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  33.75 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.08 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  32.58 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  32.05 
 
 		 315 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  32.8 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  35.09 
 
 		 258 aa  133  5e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  35.09 
 
 		 258 aa  133  5e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.8 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 		 339 aa  132  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.93 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.35 
 
 		 344 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.68 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  30.19 
 
 		 311 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.17 
 
 		 348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.17 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  32.17 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  32.17 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.17 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.17 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.54 
 
 		 344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.17 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.19 
 
 		 311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  30.87 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  32.64 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.91 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.14 
 
 		 344 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  33.19 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.71 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  31.58 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  29.17 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.95 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.97 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  31.3 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  34.51 
 
 		 356 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.04 
 
 		 347 aa  123  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.28 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  30.96 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.28 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.62 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.97 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.05 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.9 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  29.78 
 
 		 315 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  30.83 
 
 		 346 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>