More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2715 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  100 
 
 		 272 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 262 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 257 aa  102  9e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  29 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  29.56 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 271 aa  99  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  30.25 
 
 		 304 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  29.43 
 
 		 306 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 272 aa  96.3  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 271 aa  94  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.36 
 
 		 289 aa  93.6  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.95 
 
 		 260 aa  93.2  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1930  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 268 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  25.91 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 263 aa  82  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  28.95 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.58 
 
 		 272 aa  78.6  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  24.29 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25.19 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 339 aa  76.6  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.23 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 278 aa  75.9  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  26.77 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  31.12 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 281 aa  72  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 263 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  24.67 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  26.9 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  30.05 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 272 aa  68.9  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.91 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  35.51 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 253 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 356 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.81 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 393 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0222  Ada family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 452 aa  65.1  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 462 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 357 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>