203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2606 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  100 
 
 
283 aa  592  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2994  putative lipoprotein  79.15 
 
 
282 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000158327  normal  0.33203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3075  putative lipoprotein  79.15 
 
 
282 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000146144  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3172  putative lipoprotein  78.8 
 
 
282 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000327515  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  72.6 
 
 
282 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3580  hypothetical protein  78.44 
 
 
268 aa  431  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3167  putative lipoprotein  73.41 
 
 
268 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0598273  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  76.38 
 
 
253 aa  419  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  75.59 
 
 
253 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3723  putative lipoprotein  72.96 
 
 
268 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196692  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1118  putative lipoprotein  76.77 
 
 
253 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000738911  normal  0.0672977 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1085  putative lipoprotein  76.77 
 
 
253 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446586  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3273  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  76.77 
 
 
253 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  normal  0.040327 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1016  putative lipoprotein  76.77 
 
 
253 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000150012  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2951  putative lipoprotein  75.49 
 
 
252 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000165501  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1021  putative lipoprotein  75.59 
 
 
253 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000015232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  51.68 
 
 
254 aa  266  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  50.64 
 
 
255 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  51.02 
 
 
257 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  50 
 
 
252 aa  248  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3075  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.298644  normal  0.0263733 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  49.32 
 
 
243 aa  224  9e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  49.32 
 
 
243 aa  224  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  49.32 
 
 
243 aa  224  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02485  predicted lipoprotein  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.232187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1077  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2880  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.51 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2775  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.51 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000251049  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.51 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.732021 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02449  hypothetical protein  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.235598  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2749  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000166686  normal  0.272944 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2976  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0410955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3836  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000106829  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1086  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  decreased coverage  0.000000281733 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.51 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2753  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000042018  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2881  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  45.15 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0417969  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2859  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.06 
 
 
245 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0511972 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.96 
 
 
243 aa  219  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01004  hypothetical protein  48.37 
 
 
242 aa  218  7e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0237  putative lipoprotein  46.7 
 
 
253 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.558058  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004395  probable component of the lipoprotein assembly complex (forms a complex with YaeT YfgL and NlpB)  47.25 
 
 
242 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1135  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  49.28 
 
 
244 aa  215  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0663  outer membrane protein  49.29 
 
 
255 aa  215  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000502796  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0883  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.39 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.192303  normal  0.0728426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3144  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  48.34 
 
 
244 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.39 
 
 
243 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  43.59 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  44.29 
 
 
281 aa  195  7e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  41.6 
 
 
257 aa  195  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  37.26 
 
 
289 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  43.13 
 
 
269 aa  189  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  38.82 
 
 
278 aa  188  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  39.92 
 
 
337 aa  188  9e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  38.82 
 
 
271 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  42.47 
 
 
266 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  37.28 
 
 
279 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.66 
 
 
285 aa  185  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.66 
 
 
258 aa  185  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  39.09 
 
 
261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  39.92 
 
 
339 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  40.77 
 
 
268 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  39.51 
 
 
339 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  39.92 
 
 
339 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  39.91 
 
 
338 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  39.91 
 
 
340 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  37.2 
 
 
267 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  41.78 
 
 
254 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  39.09 
 
 
339 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  39.15 
 
 
330 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  37.35 
 
 
286 aa  176  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  39.57 
 
 
338 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  37.15 
 
 
268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0366  DNA uptake lipoprotein  35.92 
 
 
262 aa  172  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.507354  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  36.86 
 
 
295 aa  172  6.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  37.4 
 
 
295 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  40.43 
 
 
341 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  40.43 
 
 
341 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  37.24 
 
 
274 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  39.15 
 
 
263 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  36.36 
 
 
253 aa  168  7e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  38.37 
 
 
265 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  35.83 
 
 
301 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1899  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.72 
 
 
265 aa  166  5e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1829  putative transmembrane protein  38.72 
 
 
300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0739498  normal  0.248165 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  39.82 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  37.38 
 
 
255 aa  162  6e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  37.38 
 
 
272 aa  162  6e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  37.18 
 
 
268 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4485  putative transmembrane protein  37.45 
 
 
265 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219271  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  37.35 
 
 
280 aa  159  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  34.85 
 
 
285 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1840  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  37.32 
 
 
286 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0444128  normal  0.143398 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0192  hypothetical protein  39.15 
 
 
231 aa  156  3e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2347  putative competence lipoprotein, ComL  37.32 
 
 
286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0433334 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  34.96 
 
 
257 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  34.96 
 
 
257 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  35.48 
 
 
273 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1480  competence lipoprotein ComL  35.89 
 
 
274 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124446  normal  0.0477124 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  35.48 
 
 
293 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>