More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2418 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  81.08 
 
 		 518 aa  882    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  65.18 
 
 		 518 aa  700    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 518 aa  1054    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  81.85 
 
 		 518 aa  887    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  80.89 
 
 		 518 aa  876    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  81.08 
 
 		 518 aa  878    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  81.47 
 
 		 518 aa  880    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  68.34 
 
 		 518 aa  720    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  76.83 
 
 		 518 aa  832    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  81.66 
 
 		 518 aa  881    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  81.85 
 
 		 518 aa  886    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  81.66 
 
 		 518 aa  881    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  70.02 
 
 		 530 aa  763    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  78.12 
 
 		 514 aa  830    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  78.38 
 
 		 518 aa  830    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  80.89 
 
 		 518 aa  877    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  29.81 
 
 		 536 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.73 
 
 		 518 aa  236  7e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  30.5 
 
 		 521 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  30.5 
 
 		 524 aa  207  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 461 aa  206  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  27.59 
 
 		 518 aa  196  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  28.16 
 
 		 520 aa  195  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 614 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 645 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 642 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 696 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  30.39 
 
 		 645 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  33.65 
 
 		 668 aa  177  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  29.55 
 
 		 565 aa  176  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  34.19 
 
 		 671 aa  176  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 653 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33 
 
 		 690 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  34.01 
 
 		 677 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32 
 
 		 460 aa  167  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.85 
 
 		 508 aa  167  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 451 aa  163  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  27.66 
 
 		 516 aa  160  5e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.71 
 
 		 516 aa  159  8e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 559 aa  153  5.9999999999999996e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 622 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 		 820 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.24 
 
 		 474 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.2 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 631 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  36.53 
 
 		 560 aa  133  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 614 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.25 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 464 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  38.75 
 
 		 235 aa  128  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 555 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  38.75 
 
 		 275 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 599 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  38.62 
 
 		 624 aa  127  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 237 aa  127  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 521 aa  127  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 516 aa  126  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 320 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 324 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 625 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 772 aa  126  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  40 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.88 
 
 		 1079 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 493 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 625 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 625 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  35.57 
 
 		 523 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  38.27 
 
 		 344 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 569 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.26 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 610 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 493 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.32 
 
 		 625 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 325 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 493 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  38.38 
 
 		 1726 aa  124  5e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 321 aa  124  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 624 aa  124  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 901 aa  124  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 347 aa  124  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 351 aa  124  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 459 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 427 aa  123  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 732 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  36.25 
 
 		 323 aa  123  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 433 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.43 
 
 		 319 aa  123  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 364 aa  123  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>