More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2328 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0046  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.83 
 
 		 393 aa  637    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00667  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  76.84 
 
 		 396 aa  637    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0251  capsular polysaccharide biosynthesis protein  77.61 
 
 		 396 aa  642    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001803  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein D  76.34 
 
 		 396 aa  636    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0172  polysaccharide biosynthesis protein  77.61 
 
 		 396 aa  642    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2328  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  100 
 
 		 393 aa  818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1587  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.77 
 
 		 404 aa  626  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3097  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  74.23 
 
 		 403 aa  617  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.876352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0592  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.35 
 
 		 401 aa  592  1e-168  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  64.63 
 
 		 399 aa  541  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2643  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.61 
 
 		 395 aa  537  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.517596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3985  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40 
 
 		 412 aa  275  9e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.7 
 
 		 680 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.45 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.58 
 
 		 627 aa  116  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  28.09 
 
 		 635 aa  117  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  28.65 
 
 		 649 aa  116  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.62 
 
 		 646 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.49 
 
 		 594 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.190847  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.53 
 
 		 676 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  27.61 
 
 		 662 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.81 
 
 		 614 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.93 
 
 		 628 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.82 
 
 		 641 aa  114  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.19 
 
 		 646 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.75 
 
 		 629 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.12 
 
 		 607 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.79 
 
 		 646 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0410  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.09 
 
 		 478 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.18 
 
 		 644 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  29.35 
 
 		 621 aa  110  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.23 
 
 		 653 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3895  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.01 
 
 		 381 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.85 
 
 		 609 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3126  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.18 
 
 		 633 aa  109  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.503601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  26.59 
 
 		 646 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 647 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.37 
 
 		 651 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.85 
 
 		 607 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.85 
 
 		 611 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  29.44 
 
 		 656 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.19 
 
 		 628 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.07 
 
 		 617 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.75 
 
 		 638 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4766  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.85 
 
 		 643 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0559289  normal  0.121979 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  26.48 
 
 		 613 aa  107  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.65 
 
 		 626 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  29.44 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  28.96 
 
 		 625 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.95 
 
 		 630 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  28.27 
 
 		 644 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.6 
 
 		 600 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.95 
 
 		 642 aa  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.94 
 
 		 633 aa  106  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.05 
 
 		 625 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.98 
 
 		 642 aa  106  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.45 
 
 		 646 aa  106  9e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10733  capsular polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.41 
 
 		 653 aa  105  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  30.23 
 
 		 626 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1258  UDP-GlcNAc C4,6 dehydratase  26.37 
 
 		 587 aa  105  2e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.62797  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.46 
 
 		 605 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.87 
 
 		 616 aa  105  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29 
 
 		 675 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.46 
 
 		 605 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.25 
 
 		 627 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.25 
 
 		 627 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.25 
 
 		 627 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.14 
 
 		 629 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.39 
 
 		 627 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.06 
 
 		 627 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.69 
 
 		 652 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.92 
 
 		 650 aa  103  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3816  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.66 
 
 		 645 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280981 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.59 
 
 		 613 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  30.3 
 
 		 614 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.04 
 
 		 682 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0714  capsular polysaccharide biosynthesis protein  29.07 
 
 		 495 aa  103  7e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00136687  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.86 
 
 		 647 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30 
 
 		 630 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.77 
 
 		 612 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.18 
 
 		 619 aa  102  8e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1202  putative epimerase/dehydratase WbiI  30.74 
 
 		 593 aa  102  9e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.07 
 
 		 335 aa  102  9e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000592797 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1718  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.69 
 
 		 341 aa  102  9e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.910405  hitchhiker  0.0000000304233 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.02 
 
 		 606 aa  102  9e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.78 
 
 		 659 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.6 
 
 		 613 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.8 
 
 		 647 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1769  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.62 
 
 		 577 aa  102  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.32 
 
 		 612 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.71 
 
 		 649 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.65 
 
 		 653 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.24 
 
 		 652 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.36 
 
 		 670 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.218283 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>