258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2265 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  100 
 
 		 167 aa  347  3e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  55.62 
 
 		 168 aa  190  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  55.09 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  55.62 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  55.62 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  55.95 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  54.44 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  53.7 
 
 		 166 aa  185  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  55.09 
 
 		 166 aa  185  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  55.69 
 
 		 166 aa  185  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  55.69 
 
 		 166 aa  185  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  54.82 
 
 		 170 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  51.45 
 
 		 175 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  50.85 
 
 		 179 aa  176  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  50.59 
 
 		 173 aa  174  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  46.59 
 
 		 179 aa  166  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  38.55 
 
 		 174 aa  104  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  36.53 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  32.7 
 
 		 174 aa  97.4  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  35.33 
 
 		 170 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  35.15 
 
 		 163 aa  94.7  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  36.81 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  34.87 
 
 		 162 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 165 aa  92.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  34.87 
 
 		 161 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  35.22 
 
 		 162 aa  92.8  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  35.85 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  36.02 
 
 		 162 aa  91.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  31.9 
 
 		 182 aa  90.1  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  90.1  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  33.33 
 
 		 175 aa  90.5  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  34.87 
 
 		 162 aa  90.1  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  31.1 
 
 		 169 aa  89  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  33.12 
 
 		 153 aa  88.6  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 165 aa  88.2  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  32.52 
 
 		 177 aa  87  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  34.13 
 
 		 166 aa  85.5  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  33.96 
 
 		 162 aa  85.9  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  33.13 
 
 		 178 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  31.68 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  32.75 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  30.3 
 
 		 184 aa  79.7  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  30.19 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  30.72 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  29.56 
 
 		 167 aa  73.9  0.0000000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  27.16 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  30.77 
 
 		 168 aa  65.5  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  26.06 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  23.43 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  24 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  30.46 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  24 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  29.45 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  25.81 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0176  transcription antitermination protein NusG  26.55 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0141603  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  26.11 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  25.97 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  25.28 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  28 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  25.3 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  28 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  28.49 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  27.53 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  31.68 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1532  NusG antitermination factor  26.44 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000537782  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  28.98 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  28.98 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  28.98 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  22.7 
 
 		 174 aa  53.9  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  25.27 
 
 		 280 aa  53.5  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00690  transcription termination/antitermination factor NusG  26.86 
 
 		 183 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000164845  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  27.37 
 
 		 266 aa  53.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  26.86 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  24.52 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  28.41 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  24.56 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>