More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2055 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  100 
 
 
72 aa  149  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1880  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000177082  hitchhiker  0.000711222 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000828096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000190707  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1754  translation initiation factor IF-1  98.61 
 
 
72 aa  147  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1835  translation initiation factor IF-1  97.22 
 
 
72 aa  146  9e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000358057  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2253  translation initiation factor IF-1  97.22 
 
 
72 aa  146  9e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000207147  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  95.83 
 
 
72 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  95.83 
 
 
72 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  95.83 
 
 
72 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2531  translation initiation factor IF-1  94.44 
 
 
72 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132982  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0744  translation initiation factor IF-1  93.06 
 
 
72 aa  143  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00888  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.21001  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0959  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0957  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000550237  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00895  hypothetical protein  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.220909  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1068  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2712  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18852  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0988  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00216132  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1046  translation initiation factor IF-1  91.67 
 
 
72 aa  141  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00368143  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2366  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.302955  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1407  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0166318  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2691  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000360853  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1713  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.846652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1981  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1603  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1675  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.764362  normal  0.675465 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2266  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2604  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  140  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.62411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  90.28 
 
 
72 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003955  translation initiation factor 1  90.28 
 
 
72 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000363825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2215  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 
72 aa  139  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0331971  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2765  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 
72 aa  139  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.219281  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 
72 aa  137  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1762  translation initiation factor IF-1  88.89 
 
 
72 aa  137  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2598  translation initiation factor IF-1  87.5 
 
 
72 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000268171  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2373  translation initiation factor IF-1  84.72 
 
 
72 aa  135  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000287842  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3259  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 
72 aa  134  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.015028  hitchhiker  0.0000000000497253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4007  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.676038  normal  0.0864617 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3182  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142859  normal  0.0830693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3589  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3411  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.209503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3612  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242621  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1826  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904504  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2392  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1446  translation initiation factor 1  84.72 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.43996  normal  0.245774 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28260  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30240  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2588  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3352  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  131  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0756524  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2439  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1399  translation initiation factor IF-1  86.11 
 
 
72 aa  131  3.9999999999999996e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1734  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 
73 aa  128  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1734  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 
73 aa  128  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1837  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 
72 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0378537  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1756  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1346  translation initiation factor IF-1  80 
 
 
83 aa  124  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0322  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 
72 aa  124  4.0000000000000003e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0381418  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1285  translation initiation factor IF-1  80 
 
 
83 aa  124  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1790  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 
72 aa  124  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1688  translation initiation factor 1  76.39 
 
 
72 aa  123  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000115833  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1261  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 
72 aa  123  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1750  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000829048  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1927  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.11346 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01031  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
78 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00987912  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0426  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.249384  normal  0.130241 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1837  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000118565  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2929  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204255 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01400  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
75 aa  118  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118167  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06135  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
78 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0613852  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0718  translation initiation factor 1  73.61 
 
 
87 aa  119  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0788  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  117  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0427715  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3276  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  117  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000759571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3317  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 
72 aa  117  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.795368  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0127  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000431634  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0133  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000119555  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0133  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000000219097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0129  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.6060100000000006e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0127  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000150239  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0146  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.72927e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0128  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000687625  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0133  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000769266  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3296  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  116  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0154  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000709815  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5172  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0164  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  9e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000048346  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3755  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0935334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>