More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2042 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
304 aa  622  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.39 
 
 
318 aa  348  6e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.39 
 
 
318 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.39 
 
 
318 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.07 
 
 
318 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.05 
 
 
318 aa  342  7e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.05 
 
 
318 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.58 
 
 
318 aa  339  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.25 
 
 
318 aa  338  5e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.92 
 
 
318 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.17 
 
 
304 aa  315  5e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  51.51 
 
 
304 aa  308  9e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.66 
 
 
303 aa  299  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.68 
 
 
305 aa  297  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.26 
 
 
327 aa  275  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.77 
 
 
321 aa  267  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.38 
 
 
331 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  42.2 
 
 
300 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  39.32 
 
 
295 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  38.7 
 
 
324 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  45.14 
 
 
319 aa  149  6e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  45.14 
 
 
319 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  34.65 
 
 
320 aa  145  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  45.92 
 
 
321 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.37 
 
 
335 aa  143  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  43.72 
 
 
328 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  44.89 
 
 
328 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  44.89 
 
 
328 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  46.86 
 
 
330 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.49 
 
 
323 aa  142  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  41.95 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  44.32 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  46.58 
 
 
328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  46.84 
 
 
328 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  39.66 
 
 
352 aa  139  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  44.16 
 
 
328 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.35 
 
 
339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.96 
 
 
328 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  45 
 
 
327 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.19 
 
 
342 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.73 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  38.07 
 
 
336 aa  132  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.71 
 
 
336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  39.2 
 
 
336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.46 
 
 
351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  41.84 
 
 
361 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.83 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 
336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 
337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  32.93 
 
 
335 aa  126  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  32.68 
 
 
340 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  39.74 
 
 
323 aa  126  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.46 
 
 
312 aa  125  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  39.11 
 
 
340 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  32.66 
 
 
334 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  40 
 
 
321 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.18 
 
 
336 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.25 
 
 
320 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.53 
 
 
347 aa  122  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  46.9 
 
 
284 aa  122  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 
337 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.07 
 
 
335 aa  122  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  31.47 
 
 
325 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  34.5 
 
 
336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.18 
 
 
331 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  37.08 
 
 
332 aa  119  6e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  40.88 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  40.88 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  39.44 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.33 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  39.44 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  39.44 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  39.44 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  39.44 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  39.44 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.07 
 
 
337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  38.8 
 
 
335 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33 
 
 
336 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  36.22 
 
 
342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 
342 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  35.4 
 
 
319 aa  116  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  34.65 
 
 
337 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 
342 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.67 
 
 
343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  37.99 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 
334 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  37.42 
 
 
326 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.75 
 
 
323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  40.13 
 
 
320 aa  112  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.74 
 
 
358 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.42 
 
 
737 aa  113  5e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  39.01 
 
 
327 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  39.01 
 
 
327 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 
342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 
342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 
342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>