60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1995 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  100 
 
 		 282 aa  570  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  48.73 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  48 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  50.59 
 
 		 315 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  48 
 
 		 315 aa  254  9e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  49.41 
 
 		 281 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  47.49 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  47.49 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  47.13 
 
 		 304 aa  242  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  47.73 
 
 		 311 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  48.63 
 
 		 288 aa  237  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  46.74 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  45.66 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  47.62 
 
 		 270 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  48.46 
 
 		 303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  51.69 
 
 		 290 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  49.17 
 
 		 279 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  44.92 
 
 		 279 aa  209  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  47.97 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  45.42 
 
 		 284 aa  198  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  39.75 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  46.44 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  45.68 
 
 		 337 aa  195  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40.49 
 
 		 281 aa  195  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.3 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  44.49 
 
 		 282 aa  192  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  43.51 
 
 		 306 aa  191  9e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  45.27 
 
 		 283 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  42.56 
 
 		 282 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  41.39 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  46.61 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  41.57 
 
 		 279 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  39.31 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  40.48 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  42.21 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  43.35 
 
 		 375 aa  175  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  40.32 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  36.78 
 
 		 272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  43.35 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.21 
 
 		 282 aa  169  5e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  36.21 
 
 		 282 aa  168  7e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  36.21 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  37.87 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  37.66 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  38.3 
 
 		 269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  35.59 
 
 		 275 aa  159  3e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  34.47 
 
 		 271 aa  153  4e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  30.52 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  30.53 
 
 		 864 aa  50.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  25.17 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  27.33 
 
 		 847 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  28.64 
 
 		 822 aa  46.6  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  25.86 
 
 		 437 aa  45.8  0.0008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  27.82 
 
 		 871 aa  45.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  27.94 
 
 		 831 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  25.1 
 
 		 437 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 437 aa  43.9  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.26 
 
 		 316 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  36.08 
 
 		 845 aa  42.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.2 
 
 		 547 aa  42.4  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>