More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1699 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1699  elongation factor P  100 
 
 
188 aa  387  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000109401  normal  0.0250374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2268  elongation factor P  85.56 
 
 
186 aa  330  6e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.04773  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1992  elongation factor P  83.87 
 
 
186 aa  326  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000014351  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1915  elongation factor P  83.87 
 
 
186 aa  323  6e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120633  unclonable  0.00000167912 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2049  elongation factor P  82.35 
 
 
186 aa  323  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000851493  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2339  elongation factor P  82.8 
 
 
186 aa  323  1e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0127708  hitchhiker  0.0000774708 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1908  elongation factor P  81.82 
 
 
186 aa  319  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000484999  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2038  elongation factor P  85.56 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000835391  hitchhiker  0.00115399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1937  elongation factor P  85.56 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000886645  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2141  elongation factor P  85.56 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000141842  hitchhiker  0.000269097 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2328  elongation factor P  85.03 
 
 
186 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1875  elongation factor P  85.03 
 
 
186 aa  309  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000405635  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2232  elongation factor P  83.96 
 
 
186 aa  307  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000315255  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2189  elongation factor P  83.96 
 
 
186 aa  307  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000173  unclonable  0.00000474923 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2245  elongation factor P  83.96 
 
 
186 aa  307  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000454991  decreased coverage  0.0000000000324957 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2139  elongation factor P  83.96 
 
 
186 aa  307  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000480024  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4518  elongation factor P  83.96 
 
 
186 aa  307  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0857  elongation factor P  63.83 
 
 
186 aa  250  7e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.479626 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0565  translation elongation factor P  61.7 
 
 
189 aa  250  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1755  elongation factor P  62.03 
 
 
185 aa  244  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1934  elongation factor P  62.77 
 
 
184 aa  241  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.204738 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2035  elongation factor P  63.1 
 
 
185 aa  241  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.373197  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15280  elongation factor P  60.22 
 
 
188 aa  239  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00757913  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0132  elongation factor P  61.5 
 
 
185 aa  238  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1779  elongation factor P  62.57 
 
 
184 aa  238  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3074  elongation factor P  60.96 
 
 
184 aa  236  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.14851 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27210  elongation factor P  59.36 
 
 
188 aa  235  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.791467  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2304  elongation factor P  59.36 
 
 
188 aa  235  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0302862  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1737  elongation factor P  61.5 
 
 
185 aa  234  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.862842  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1962  elongation factor P  62.03 
 
 
199 aa  234  5.0000000000000005e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0767927  normal  0.96183 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1625  elongation factor P  60.43 
 
 
184 aa  234  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.531949  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1648  elongation factor P  60.96 
 
 
184 aa  233  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.244002  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2362  elongation factor P  60.96 
 
 
184 aa  233  9e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.681402  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2875  elongation factor P  60.96 
 
 
184 aa  233  9e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.220624  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2246  elongation factor P  60.85 
 
 
186 aa  232  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1069  elongation factor P  60.32 
 
 
188 aa  231  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0510953  normal  0.169109 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2871  elongation factor P  59.89 
 
 
184 aa  230  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136553  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2242  elongation factor P  57.75 
 
 
184 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0208447  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2459  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0550  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2833  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2886  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1782  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0461395  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2822  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0858558  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2412  elongation factor P  60.85 
 
 
186 aa  230  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0259634 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2771  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0413  elongation factor P  59.26 
 
 
186 aa  228  5e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.154549  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3233  elongation factor P  59.36 
 
 
184 aa  228  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.475124  normal  0.149098 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2163  elongation factor P  58.82 
 
 
185 aa  228  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.54677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0849  elongation factor P  60.96 
 
 
185 aa  227  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0141003  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1021  elongation factor P  58.82 
 
 
185 aa  227  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1017  elongation factor P  58.82 
 
 
185 aa  227  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1099  elongation factor P  57.75 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1093  elongation factor P  59.89 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0661  elongation factor P  57.75 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.551616  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1141  elongation factor P  57.75 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4253  elongation factor P  57.75 
 
 
185 aa  224  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0421  elongation factor P  58.2 
 
 
186 aa  224  7e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2891  elongation factor P  59.89 
 
 
185 aa  224  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.665386  normal  0.0670504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2130  translation initiation factor 5A (eIF-5A)  55.38 
 
 
190 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0576423  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1898  Elongation factor P  51.61 
 
 
189 aa  200  9e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.185446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3999  elongation factor P  51.65 
 
 
189 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000867749  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1468  elongation factor P  50.8 
 
 
189 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1433  elongation factor P  50.8 
 
 
189 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.279879 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1858  elongation factor P  50.8 
 
 
189 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.453569  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3628  elongation factor P  51.1 
 
 
189 aa  191  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000158679  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3856  elongation factor P  50.8 
 
 
189 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198418  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1765  translation elongation factor P  50 
 
 
189 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0999  elongation factor P  51.32 
 
 
191 aa  184  9e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.692451  normal  0.398098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0934  elongation factor P  51.32 
 
 
191 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal  0.0465306 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0996  translation elongation factor P  39.9 
 
 
190 aa  134  9e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2275  translation elongation factor P  38.86 
 
 
191 aa  127  7.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12554  elongation factor P  34.92 
 
 
187 aa  122  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0185944 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2094  elongation factor P  34.05 
 
 
213 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4171  translation elongation factor P  36.51 
 
 
187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.374404  normal  0.818087 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2589  translation elongation factor P (EF-P)  35.83 
 
 
188 aa  118  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.626789  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1660  translation elongation factor P  37.04 
 
 
186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12650  translation elongation factor P (EF-P)  33.86 
 
 
199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0427626  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0719  elongation factor P  34.59 
 
 
188 aa  115  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3672  elongation factor P  34.59 
 
 
188 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3818  elongation factor P  34.59 
 
 
188 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.145028  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1305  elongation factor P  33.68 
 
 
187 aa  114  6e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.656375  normal  0.0587891 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3009  elongation factor P  34.39 
 
 
211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.144718 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0412  elongation factor P  34.95 
 
 
188 aa  114  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000757192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0376  elongation factor P  35.14 
 
 
188 aa  114  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3765  elongation factor P  34.95 
 
 
188 aa  114  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2333  translation elongation factor P  33.86 
 
 
187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0872984  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2102  elongation factor P  33.87 
 
 
187 aa  113  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0533599  hitchhiker  0.00367804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2943  translation elongation factor P  34.22 
 
 
185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000799114  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1987  elongation factor P  33.51 
 
 
187 aa  112  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1705  translation elongation factor P  31.75 
 
 
187 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215577  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  39.89 
 
 
185 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3254  elongation factor P  32.43 
 
 
187 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.310404  normal  0.360922 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2590  translation elongation factor P  33.86 
 
 
187 aa  111  6e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.993931  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14700  translation elongation factor P (EF-P)  32.62 
 
 
185 aa  111  8.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.948878  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2031  translation elongation factor P  32.8 
 
 
186 aa  111  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0283739 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1042  translation elongation factor P  33.52 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000205263  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0920  translation elongation factor P  33.51 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1838  translation elongation factor P  33.86 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.464834  normal  0.192185 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3943  elongation factor P  34.41 
 
 
188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.359107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>