More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1600 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.06 
 
 
749 aa  699  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  71.69 
 
 
711 aa  1100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  50.42 
 
 
706 aa  691  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  50.42 
 
 
706 aa  691  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.73 
 
 
702 aa  713  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.88 
 
 
702 aa  712  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.66949e-05  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  73.1 
 
 
711 aa  1108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  71.83 
 
 
711 aa  1082  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.88 
 
 
702 aa  714  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.9 
 
 
702 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.9 
 
 
702 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.04 
 
 
702 aa  710  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.46 
 
 
699 aa  659  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1019  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.9 
 
 
702 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.63679e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.9 
 
 
702 aa  709  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.73 
 
 
713 aa  635  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.94 
 
 
718 aa  714  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.88 
 
 
702 aa  714  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  50.77 
 
 
706 aa  697  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.13 
 
 
701 aa  724  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  100 
 
 
708 aa  1472  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.18 
 
 
709 aa  1159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.88 
 
 
713 aa  1147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  74.75 
 
 
709 aa  1139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.11 
 
 
711 aa  1144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1460  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.39 
 
 
702 aa  717  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372421  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  76.59 
 
 
709 aa  1167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.04 
 
 
709 aa  1142  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.68014e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  72.96 
 
 
712 aa  1120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.88 
 
 
713 aa  1147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  50.42 
 
 
706 aa  691  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  76.02 
 
 
713 aa  1149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.26 
 
 
718 aa  709  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.06 
 
 
707 aa  725  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.73 
 
 
702 aa  713  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.81203e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.88 
 
 
702 aa  714  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.72198e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  71.55 
 
 
711 aa  1097  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.04 
 
 
709 aa  1157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  52.73 
 
 
702 aa  713  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  52.32 
 
 
705 aa  720  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  50.91 
 
 
707 aa  700  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.62 
 
 
705 aa  714  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.54 
 
 
705 aa  717  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.46 
 
 
711 aa  1149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  52.59 
 
 
702 aa  712  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  50.7 
 
 
706 aa  724  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  50 
 
 
715 aa  710  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.55 
 
 
708 aa  742  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  52.59 
 
 
702 aa  712  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.9 
 
 
725 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.17 
 
 
730 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  5.68261e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.61 
 
 
730 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.61 
 
 
730 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.17 
 
 
730 aa  621  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.24 
 
 
725 aa  618  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  1.88031e-11 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.66 
 
 
738 aa  615  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1699  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.35 
 
 
722 aa  610  1e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.93 
 
 
721 aa  610  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.4 
 
 
707 aa  602  1e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.98 
 
 
707 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.21 
 
 
750 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  42.02 
 
 
762 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1039  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.27 
 
 
725 aa  582  1e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.525642  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.03 
 
 
756 aa  585  1e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18930  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.03 
 
 
738 aa  582  1e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.51 
 
 
712 aa  572  1e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.5 
 
 
711 aa  567  1e-160  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.3 
 
 
734 aa  563  1e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1344  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.74 
 
 
732 aa  565  1e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1322  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.6 
 
 
712 aa  539  1e-152  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0919587 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.59 
 
 
752 aa  537  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0688  putative RNA methylase  40.82 
 
 
734 aa  538  1e-151  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0808112 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0766  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.28 
 
 
768 aa  501  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.1454 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0772  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.87 
 
 
776 aa  498  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.829763 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2214  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.67 
 
 
724 aa  476  1e-133  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.301767  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2125  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.86 
 
 
748 aa  478  1e-133  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.842151  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.88 
 
 
807 aa  469  1e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1312  THUMP domain protein  36.58 
 
 
768 aa  446  1e-124  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530559  normal  0.0438625 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0981  putative RNA methylase  35.68 
 
 
751 aa  432  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0609358  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1014  THUMP domain protein  34.96 
 
 
760 aa  410  1e-113  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.520443  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  33.33 
 
 
729 aa  393  1e-108  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24675  hypothetical protein  51.27 
 
 
343 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  39.63 
 
 
389 aa  287  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  40.8 
 
 
391 aa  287  5e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26220  predicted SAM-dependent methyltransferase  46.77 
 
 
657 aa  287  5e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  38.93 
 
 
376 aa  278  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  37.76 
 
 
385 aa  275  2e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  38.93 
 
 
376 aa  275  2e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  39.47 
 
 
375 aa  274  5e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.18402e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  37.33 
 
 
375 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  37.33 
 
 
375 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  37.03 
 
 
399 aa  260  8e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  38.77 
 
 
393 aa  258  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  37.77 
 
 
375 aa  256  7e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1191  oxidoreductase  43.55 
 
 
321 aa  256  9e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  37.14 
 
 
387 aa  253  8e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6906  Methyltransferase type 11  43.14 
 
 
315 aa  253  9e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  37.69 
 
 
398 aa  251  4e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  36.77 
 
 
393 aa  250  5e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  34.92 
 
 
374 aa  245  2e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>