More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1400 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
332 aa  687    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  71.04 
 
 
342 aa  497  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  70.12 
 
 
352 aa  489  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  66.87 
 
 
333 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.47 
 
 
334 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  67.27 
 
 
334 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  67.27 
 
 
334 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  67.27 
 
 
334 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  57.23 
 
 
333 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  53.8 
 
 
332 aa  381  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  54.85 
 
 
333 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  50.76 
 
 
333 aa  342  4e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  43.77 
 
 
334 aa  292  6e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  46.97 
 
 
334 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.34 
 
 
336 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.34 
 
 
336 aa  256  4e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.85 
 
 
325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  40.79 
 
 
343 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.79 
 
 
343 aa  250  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  40.79 
 
 
343 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.79 
 
 
343 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.79 
 
 
343 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.79 
 
 
343 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  40.79 
 
 
343 aa  249  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.79 
 
 
343 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.79 
 
 
343 aa  249  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.95 
 
 
337 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  41.27 
 
 
332 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  40.73 
 
 
335 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.73 
 
 
339 aa  245  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.27 
 
 
348 aa  245  9e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.88 
 
 
338 aa  245  9e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.66 
 
 
340 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  40.06 
 
 
336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.51 
 
 
346 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.12 
 
 
340 aa  241  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.12 
 
 
340 aa  241  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.12 
 
 
340 aa  241  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.88 
 
 
342 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.88 
 
 
342 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.88 
 
 
342 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.88 
 
 
342 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.88 
 
 
342 aa  238  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  39.21 
 
 
335 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 
342 aa  238  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  40.66 
 
 
346 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  38.91 
 
 
335 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  40.66 
 
 
346 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.36 
 
 
340 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.36 
 
 
340 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  38.91 
 
 
335 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  39.21 
 
 
332 aa  236  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.06 
 
 
340 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 
336 aa  237  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  38.91 
 
 
335 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.06 
 
 
340 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.06 
 
 
340 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.66 
 
 
346 aa  236  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  40.66 
 
 
346 aa  236  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.66 
 
 
346 aa  236  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.66 
 
 
346 aa  236  4e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.66 
 
 
346 aa  236  4e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  38.6 
 
 
335 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  38.79 
 
 
340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 
335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  38.66 
 
 
340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  38.67 
 
 
337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  38.41 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  39.16 
 
 
338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  41.1 
 
 
342 aa  233  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.36 
 
 
346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  39.39 
 
 
334 aa  232  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  38.72 
 
 
332 aa  230  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.14 
 
 
345 aa  229  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 
337 aa  229  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  38.18 
 
 
337 aa  229  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.89 
 
 
339 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  39.52 
 
 
343 aa  227  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  37.99 
 
 
332 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.06 
 
 
336 aa  227  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 
338 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.88 
 
 
338 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 
336 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  37.16 
 
 
342 aa  222  7e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  37.58 
 
 
339 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  37.58 
 
 
339 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  37.58 
 
 
340 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  37.95 
 
 
344 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  36.62 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  37.27 
 
 
340 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  36.06 
 
 
334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  37.27 
 
 
339 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 
345 aa  218  8.999999999999998e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.2 
 
 
333 aa  216  5e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 
333 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  37.16 
 
 
351 aa  215  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.03 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 
351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>