More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1255 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.18 
 
 
451 aa  748    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  84.48 
 
 
451 aa  759    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  83.81 
 
 
451 aa  754    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  81.82 
 
 
451 aa  737    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  84.48 
 
 
451 aa  758    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.62 
 
 
451 aa  746    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  81.6 
 
 
451 aa  736    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  84.04 
 
 
451 aa  755    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  84.04 
 
 
451 aa  754    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  83.81 
 
 
451 aa  752    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  84.92 
 
 
451 aa  763    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  100 
 
 
451 aa  902    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  79.73 
 
 
451 aa  712    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  83.81 
 
 
451 aa  782    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.71 
 
 
450 aa  722    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  77.51 
 
 
451 aa  681    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  47.88 
 
 
449 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2989  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.78 
 
 
450 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.347147  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.54 
 
 
453 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  45.08 
 
 
453 aa  378  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  44.49 
 
 
454 aa  354  1e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.15 
 
 
478 aa  353  5e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.7 
 
 
457 aa  340  4e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02813  TonB system biopolymer transport component  52.35 
 
 
343 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000924577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.5 
 
 
469 aa  332  8e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  43.68 
 
 
460 aa  330  4e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.69 
 
 
449 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.61 
 
 
462 aa  297  3e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  40.31 
 
 
455 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.99 
 
 
457 aa  286  7e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  39.2 
 
 
451 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.83 
 
 
455 aa  260  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  37.8 
 
 
453 aa  258  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.26 
 
 
469 aa  216  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.64 
 
 
403 aa  196  7e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  28.14 
 
 
474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.45 
 
 
576 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.02 
 
 
480 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  26.13 
 
 
470 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  30 
 
 
465 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  34.11 
 
 
464 aa  99.8  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.23 
 
 
488 aa  96.7  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.58 
 
 
201 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.53 
 
 
469 aa  87.4  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02770  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.37 
 
 
246 aa  87  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.52 
 
 
209 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  37.01 
 
 
184 aa  83.6  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.77 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  43.75 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  48.28 
 
 
180 aa  82  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.04 
 
 
218 aa  82  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.55 
 
 
174 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  35.53 
 
 
169 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  33.12 
 
 
184 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.72 
 
 
175 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  34.62 
 
 
174 aa  77.8  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.12 
 
 
174 aa  77.8  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.95 
 
 
175 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0242  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.18 
 
 
218 aa  77.4  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.246943  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.38 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.26 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.1 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  53.73 
 
 
177 aa  76.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.48 
 
 
174 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.66 
 
 
217 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.08 
 
 
206 aa  75.5  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.08 
 
 
206 aa  75.5  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.1 
 
 
175 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  35.4 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  26.57 
 
 
220 aa  73.9  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.1 
 
 
175 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.39 
 
 
208 aa  73.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.65 
 
 
243 aa  72.4  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.85 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  33.87 
 
 
201 aa  71.2  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.69 
 
 
175 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.76 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.01 
 
 
238 aa  71.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  42.22 
 
 
160 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.92 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.86 
 
 
175 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  29 
 
 
204 aa  70.5  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.11 
 
 
226 aa  70.9  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  33.06 
 
 
211 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  33.06 
 
 
211 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0442  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.51 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  53.12 
 
 
174 aa  70.1  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28 
 
 
214 aa  68.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1228  putative adventurous gliding motility protein R  26.8 
 
 
217 aa  68.6  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258731  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.58 
 
 
240 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.38 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0437  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.48 
 
 
165 aa  67.4  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.383605  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  27.08 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  42.17 
 
 
175 aa  67  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>