213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1157 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1291  RimK domain-containing protein ATP-grasp  73.24 
 
 		 483 aa  769    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696817  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1157  glutathione synthase  100 
 
 		 483 aa  1003    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1912  hypothetical protein  62.32 
 
 		 483 aa  655    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1841  RimK domain-containing protein ATP-grasp  51.23 
 
 		 492 aa  515  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3347  hypothetical protein  48.27 
 
 		 495 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39390  ribosomal protein S6 modification enzyme  48.07 
 
 		 495 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2617  hypothetical protein  46.34 
 
 		 524 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46880  glutathione synthase  46.03 
 
 		 529 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272025 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1035  RimK domain-containing protein ATP-grasp  47.69 
 
 		 499 aa  463  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.494403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2526  hypothetical protein  46.94 
 
 		 496 aa  459  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4039  hypothetical protein  46.03 
 
 		 515 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0756389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0575  RimK domain protein ATP-grasp  43.18 
 
 		 490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0103875  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2526  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase  45.1 
 
 		 528 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000161005  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2232  RimK domain protein ATP-grasp  46.23 
 
 		 494 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.360505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2956  ribosomal protein S6 modification protein-related protein  45.27 
 
 		 526 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0238931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2716  RimK domain-containing protein ATP-grasp  45.06 
 
 		 526 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2915  glutathione synthase  45.6 
 
 		 486 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.525295 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02216  glutathione synthase  42.8 
 
 		 495 aa  403  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000592479  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1892  RimK domain-containing protein ATP-grasp  43.15 
 
 		 502 aa  394  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356939 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2089  RimK domain protein ATP-grasp  40.64 
 
 		 518 aa  388  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4158  RimK-like ATP-grasp  42.54 
 
 		 488 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.530195  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2466  hypothetical protein  40.64 
 
 		 518 aa  388  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1453  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  40.25 
 
 		 490 aa  371  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1458  RimK domain-containing protein ATP-grasp  39.84 
 
 		 502 aa  369  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0341602  normal  0.0124544 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5784  RimK domain protein ATP-grasp  39.02 
 
 		 486 aa  365  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1722  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  39.88 
 
 		 499 aa  365  1e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0446  hypothetical protein  37.99 
 
 		 484 aa  363  5.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0422  hypothetical protein  37.99 
 
 		 484 aa  363  5.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0776  RimK domain-containing protein ATP-grasp  40.43 
 
 		 486 aa  361  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121233  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0957  RimK-like ATP-grasp  39.18 
 
 		 486 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2764  hypothetical protein  37.99 
 
 		 489 aa  351  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.338805  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1433  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.55 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.133242 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1421  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.23 
 
 		 316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0475  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.9 
 
 		 316 aa  183  8.000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.60167  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1695  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.13 
 
 		 335 aa  179  9e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.803385  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1626  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.94 
 
 		 290 aa  161  3e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0205048 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1201  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.81 
 
 		 255 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  27.13 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.6 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.52 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.87 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  25.09 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.81 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.02 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0444  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.7 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0001654  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.84 
 
 		 281 aa  58.9  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.77 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.76 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  25.76 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  23.18 
 
 		 299 aa  56.2  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.53 
 
 		 299 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.53 
 
 		 299 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.53 
 
 		 299 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3469  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.18 
 
 		 285 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  25.33 
 
 		 300 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  23.13 
 
 		 330 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  23.44 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.44 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  23.16 
 
 		 307 aa  55.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  21.62 
 
 		 471 aa  55.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  25.33 
 
 		 300 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.6 
 
 		 305 aa  55.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2369  RimK domain protein ATP-grasp  24.04 
 
 		 299 aa  55.8  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.438886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  23.44 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  24.09 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  25.33 
 
 		 300 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  22.11 
 
 		 302 aa  55.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.43 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  23.44 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  25.33 
 
 		 300 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  23.44 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  25.33 
 
 		 300 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  25.22 
 
 		 302 aa  55.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  25.22 
 
 		 302 aa  55.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.77 
 
 		 324 aa  55.1  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  23.81 
 
 		 298 aa  54.7  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  24.31 
 
 		 303 aa  54.7  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  25.39 
 
 		 301 aa  54.7  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  25.57 
 
 		 265 aa  54.7  0.000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  24.89 
 
 		 300 aa  54.3  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0847  alpha-L-glutamate ligase  28.27 
 
 		 269 aa  54.3  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.652747  normal  0.189578 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  23.33 
 
 		 300 aa  54.3  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  24.29 
 
 		 303 aa  53.9  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.76 
 
 		 302 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  23.11 
 
 		 290 aa  53.9  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  22.58 
 
 		 411 aa  53.5  0.000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.88 
 
 		 302 aa  53.5  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  23.64 
 
 		 301 aa  53.5  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  23.71 
 
 		 301 aa  53.1  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.54 
 
 		 271 aa  53.1  0.00001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.63 
 
 		 294 aa  53.1  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  24.09 
 
 		 331 aa  53.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  23.41 
 
 		 283 aa  53.1  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  24.07 
 
 		 336 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>