More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1073 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1073  porin  100 
 
 		 308 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  71.84 
 
 		 316 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  76.19 
 
 		 315 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  74.68 
 
 		 316 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  70.89 
 
 		 316 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  73.25 
 
 		 314 aa  443  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  72.93 
 
 		 314 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  72.93 
 
 		 314 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  70.7 
 
 		 314 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  71.97 
 
 		 314 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  71.97 
 
 		 314 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  71.97 
 
 		 314 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  71.88 
 
 		 313 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  66.56 
 
 		 314 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  68.45 
 
 		 317 aa  425  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  67.6 
 
 		 321 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  38.86 
 
 		 340 aa  218  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  37.94 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  32.32 
 
 		 338 aa  156  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  32.09 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  29.86 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  31.29 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  30.59 
 
 		 354 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  30.59 
 
 		 354 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  30.23 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  30.03 
 
 		 372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  31.14 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  28.57 
 
 		 344 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  30.11 
 
 		 347 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  30.17 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  35.03 
 
 		 345 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  28.77 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  32.58 
 
 		 346 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  29.81 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  29.56 
 
 		 359 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.41 
 
 		 361 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  30.67 
 
 		 354 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  29.49 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  29.1 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  29.91 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.79 
 
 		 354 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  28.45 
 
 		 354 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  28.45 
 
 		 354 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  28.79 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  28.41 
 
 		 349 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  28.41 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  28.24 
 
 		 345 aa  123  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.26 
 
 		 352 aa  123  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  31.9 
 
 		 369 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  30.91 
 
 		 346 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.29 
 
 		 354 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.29 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.29 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  26.91 
 
 		 354 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.89 
 
 		 342 aa  109  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  28.78 
 
 		 351 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  31.35 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  30.23 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.03 
 
 		 339 aa  96.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  28.95 
 
 		 367 aa  95.5  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  26.01 
 
 		 336 aa  85.9  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  27.48 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  25.78 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  26.2 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  30.6 
 
 		 344 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.05 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  25 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  29.51 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  26.25 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.17 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  29.91 
 
 		 365 aa  74.7  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  32.68 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  30.1 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  26.77 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  26.3 
 
 		 344 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  29.39 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  25.66 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  25.75 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6034  porin  32.11 
 
 		 382 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.017791  normal  0.203355 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  24.69 
 
 		 342 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  24.19 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0103  outer membrane porin OpcP  30.41 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.660902  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  28.3 
 
 		 381 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  25.87 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  25.24 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3288  porin  25.84 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  31.9 
 
 		 380 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  29.57 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  31.1 
 
 		 380 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  27.67 
 
 		 363 aa  66.6  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  33.85 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  26.13 
 
 		 374 aa  66.2  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  23.71 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  23.71 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  27.63 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  26.47 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  24.55 
 
 		 356 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  28.4 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  31.9 
 
 		 380 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  27.73 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>