More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0516 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  100 
 
 		 234 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  71.6 
 
 		 231 aa  274  8e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  76.13 
 
 		 236 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  87.67 
 
 		 238 aa  249  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  85.81 
 
 		 234 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  85.81 
 
 		 234 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  85.81 
 
 		 234 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  85.81 
 
 		 236 aa  246  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  81.46 
 
 		 235 aa  245  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  81.46 
 
 		 236 aa  244  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  85.81 
 
 		 236 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  78.12 
 
 		 222 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  55.64 
 
 		 242 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  78.91 
 
 		 171 aa  207  8e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  54.04 
 
 		 178 aa  203  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  80.17 
 
 		 165 aa  202  3e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  77.95 
 
 		 178 aa  202  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  65.27 
 
 		 168 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  76.8 
 
 		 181 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  52.72 
 
 		 177 aa  201  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  64.33 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  83.19 
 
 		 182 aa  201  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  83.19 
 
 		 182 aa  201  9e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  83.19 
 
 		 182 aa  201  9e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  82.3 
 
 		 180 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  81.42 
 
 		 180 aa  198  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  63.58 
 
 		 182 aa  197  7.999999999999999e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  81.2 
 
 		 165 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  81.2 
 
 		 165 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  80.53 
 
 		 176 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  80.53 
 
 		 181 aa  196  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  78.63 
 
 		 183 aa  194  7e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  70.2 
 
 		 196 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  78.07 
 
 		 167 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  61.27 
 
 		 220 aa  191  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  76.99 
 
 		 176 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  78.07 
 
 		 178 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  80.7 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  80.7 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  80.7 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  80.7 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  80.7 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  50.84 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  52.8 
 
 		 233 aa  185  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  63.35 
 
 		 189 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  78.45 
 
 		 231 aa  184  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  unclonable  0.000000000110243 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  69.83 
 
 		 161 aa  184  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  69.83 
 
 		 161 aa  184  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  76.72 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  73.28 
 
 		 160 aa  182  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  56.91 
 
 		 174 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  62.66 
 
 		 183 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4718  single-stranded DNA-binding protein  73.73 
 
 		 183 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.336644 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  48.31 
 
 		 175 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  69.11 
 
 		 162 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  72.03 
 
 		 165 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  72.97 
 
 		 155 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  68.8 
 
 		 163 aa  176  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  71.05 
 
 		 175 aa  174  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  70.18 
 
 		 175 aa  174  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  71.68 
 
 		 185 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  71.05 
 
 		 154 aa  174  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5049  single-stranded DNA-binding protein  73.87 
 
 		 172 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274707  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  68.47 
 
 		 158 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  68.47 
 
 		 158 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  58.44 
 
 		 151 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  72.32 
 
 		 167 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  49.15 
 
 		 219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  70.8 
 
 		 150 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  57.64 
 
 		 152 aa  172  5e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0514  single-stranded DNA-binding protein  72.07 
 
 		 181 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0485  single-stranded DNA-binding protein  72.07 
 
 		 181 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0518  single-stranded DNA-binding protein  72.07 
 
 		 181 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.183562 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  64.17 
 
 		 164 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0611  single-stranded DNA-binding protein  66.13 
 
 		 168 aa  171  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0751618  hitchhiker  0.00325806 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  60.94 
 
 		 222 aa  171  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  63.33 
 
 		 164 aa  171  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  72.81 
 
 		 172 aa  170  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  67.5 
 
 		 190 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  65.79 
 
 		 159 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  65.79 
 
 		 159 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  62.22 
 
 		 151 aa  169  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3819  single-strand binding protein  61.81 
 
 		 175 aa  168  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131469  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  65.87 
 
 		 167 aa  168  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  62.22 
 
 		 188 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  58.46 
 
 		 161 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  44.44 
 
 		 175 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  56.55 
 
 		 184 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  69.03 
 
 		 181 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  70.3 
 
 		 156 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  70.3 
 
 		 156 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  67.26 
 
 		 149 aa  162  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  47.64 
 
 		 213 aa  161  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>