More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0478 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0478  HlyD family secretion protein  100 
 
 
322 aa  653    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.161841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0488  secretion protein HlyD family protein  74.06 
 
 
324 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4089  HlyD family secretion protein  73.75 
 
 
324 aa  461  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3463  secretion protein HlyD family protein  74.06 
 
 
324 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3639  secretion protein HlyD family protein  74.06 
 
 
324 aa  464  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0412  secretion protein HlyD family protein  73.12 
 
 
323 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.604128  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0506  secretion protein HlyD family protein  72.81 
 
 
324 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0531  secretion protein HlyD family protein  72.5 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  72.5 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0583  secretion protein HlyD family protein  73.44 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3813  secretion protein HlyD family protein  72.5 
 
 
324 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3745  secretion protein HlyD family protein  72.59 
 
 
323 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3729  secretion protein HlyD family protein  66.04 
 
 
329 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0567  secretion protein HlyD family protein  71.88 
 
 
323 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.142155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4393  secretion protein HlyD family protein  74.24 
 
 
323 aa  425  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0150137  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1212  hypothetical protein  57.99 
 
 
324 aa  351  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000214097  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003317  membrane-fusion protein  56.05 
 
 
326 aa  348  7e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0618  putative secretion protein, HlyD family  54.22 
 
 
326 aa  317  2e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1840  hypothetical protein  54.52 
 
 
332 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.137202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0477  hypothetical protein  55.13 
 
 
332 aa  308  9e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02435  hypothetical protein  56.37 
 
 
326 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0396  secretion protein HlyD family protein  54.17 
 
 
330 aa  305  9.000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1026  secretion protein HlyD family protein  39.5 
 
 
326 aa  230  2e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4571  secretion protein HlyD family protein  45.87 
 
 
349 aa  226  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707913  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0093  HlyD family secretion protein  42.63 
 
 
331 aa  224  1e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0320304 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  36.88 
 
 
427 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0653  secretion protein HlyD family protein  38.08 
 
 
357 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1173  secretion protein HlyD family protein  42.71 
 
 
337 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0604  secretion protein HlyD family protein  40 
 
 
326 aa  199  5e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1189  secretion protein HlyD  39.38 
 
 
323 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2777  secretion protein HlyD family protein  39.38 
 
 
323 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.991626  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2682  secretion protein HlyD family protein  39.04 
 
 
323 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  36.39 
 
 
323 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  36.39 
 
 
323 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0499  secretion protein HlyD family protein  34.91 
 
 
323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4808  secretion protein HlyD family protein  36.95 
 
 
330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1925  secretion protein HlyD family protein  31.49 
 
 
328 aa  159  9e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0178624 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2703  secretion protein HlyD family protein  35.96 
 
 
367 aa  157  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  28.87 
 
 
353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2701  secretion protein HlyD family protein  29.82 
 
 
333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2328  secretion protein HlyD  29.2 
 
 
398 aa  103  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  28.72 
 
 
334 aa  103  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  28.87 
 
 
335 aa  102  8e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  30.33 
 
 
356 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  29.04 
 
 
357 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  25.97 
 
 
328 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 
462 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  27 
 
 
395 aa  83.2  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  27.27 
 
 
335 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  30.31 
 
 
357 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  26.61 
 
 
467 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4577  secretion protein HlyD  26.73 
 
 
354 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.231546  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3420  secretion protein HlyD family protein  28.82 
 
 
357 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  29.32 
 
 
359 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3445  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 
359 aa  80.5  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  27.5 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  30.94 
 
 
349 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5975  hypothetical protein  27.64 
 
 
382 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  26.92 
 
 
354 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  28.04 
 
 
350 aa  79.3  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  30.94 
 
 
349 aa  79.3  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1382  secretion protein HlyD family protein  27.61 
 
 
340 aa  79  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.396008  hitchhiker  0.000481704 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00129  probable membrane fusion protein (HlyD family of secretion proteins) linked to ABC efflux pumps  28 
 
 
350 aa  77.8  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000116655  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4352  multidrug resistance protein MdtN  29.74 
 
 
349 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  28 
 
 
357 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1778  secretion protein HlyD  25.08 
 
 
339 aa  76.6  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32933  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  27.76 
 
 
359 aa  76.3  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2193  multidrug resistance protein MdtN  32.07 
 
 
350 aa  76.3  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0169  secretion protein HlyD  26.07 
 
 
356 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  28.77 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  25.52 
 
 
331 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  28.42 
 
 
333 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  29.21 
 
 
354 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1038  Type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  28.16 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0596  multidrug resistance protein MdtN  29.57 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789434  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0439  Type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  28.16 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0760  secretion protein HlyD family protein  27.55 
 
 
363 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.92181  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  27.64 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0535  multidrug resistance protein MdtN  29.57 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2775  type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  28.16 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2632  putative efflux transporter, MFP subunit  28.16 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  30 
 
 
349 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1056  multidrug resistance protein MdtN  29.57 
 
 
349 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333157  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4510  multidrug resistance protein MdtN  26.74 
 
 
349 aa  73.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803564  normal  0.0531786 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1061  multidrug resistance protein MdtN  29.57 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.182652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  25.25 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  24.45 
 
 
375 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  23.21 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1503  secretion protein HlyD family protein  27.19 
 
 
357 aa  72.8  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996003  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  29.13 
 
 
349 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  27.27 
 
 
378 aa  72.8  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  29.13 
 
 
349 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  29.13 
 
 
349 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5882  secretion protein HlyD family protein  28 
 
 
357 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.97 
 
 
397 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  25.95 
 
 
335 aa  71.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1480  secretion protein HlyD family protein  23.2 
 
 
349 aa  72.4  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.785095  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0558  secretion protein HlyD family protein  27.13 
 
 
375 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  22.98 
 
 
354 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  23.21 
 
 
326 aa  71.6  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>