More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0454 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.11 
 
 		 563 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  70.71 
 
 		 559 aa  755    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  72.19 
 
 		 560 aa  756    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.65 
 
 		 561 aa  761    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  70.71 
 
 		 559 aa  755    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  70.89 
 
 		 559 aa  758    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  68.09 
 
 		 562 aa  755    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  100 
 
 		 561 aa  1136    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  71.07 
 
 		 559 aa  755    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  70.05 
 
 		 556 aa  765    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  73.39 
 
 		 558 aa  762    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  66.73 
 
 		 549 aa  716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.65 
 
 		 561 aa  761    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.65 
 
 		 561 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  71.43 
 
 		 556 aa  771    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  71 
 
 		 567 aa  757    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  50.27 
 
 		 546 aa  506  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  51.72 
 
 		 609 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  49.81 
 
 		 530 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  50.46 
 
 		 550 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  48.32 
 
 		 544 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  50.09 
 
 		 559 aa  491  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  50.09 
 
 		 569 aa  478  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  44.28 
 
 		 543 aa  399  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  44.44 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  41.59 
 
 		 572 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  40.58 
 
 		 554 aa  346  6e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  35.83 
 
 		 614 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.12 
 
 		 538 aa  327  3e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.12 
 
 		 577 aa  313  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  37.12 
 
 		 585 aa  302  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  28.82 
 
 		 625 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  28.44 
 
 		 506 aa  172  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  27.63 
 
 		 508 aa  153  8.999999999999999e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  28.16 
 
 		 546 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  26.64 
 
 		 512 aa  148  3e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  33.03 
 
 		 547 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  33.12 
 
 		 594 aa  147  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  25.46 
 
 		 539 aa  144  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  27.53 
 
 		 581 aa  143  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.05 
 
 		 830 aa  143  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  25.6 
 
 		 470 aa  141  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  25.05 
 
 		 470 aa  140  7e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  25.05 
 
 		 470 aa  139  1e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  26.78 
 
 		 541 aa  137  4e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  26.14 
 
 		 563 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  26.02 
 
 		 569 aa  133  9e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.8 
 
 		 506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.95 
 
 		 574 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.37 
 
 		 463 aa  123  8e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  27.89 
 
 		 675 aa  113  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  29.08 
 
 		 686 aa  110  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  29.91 
 
 		 716 aa  110  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.39 
 
 		 819 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  29.5 
 
 		 797 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 		 794 aa  106  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.43 
 
 		 763 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  32.95 
 
 		 641 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  23.64 
 
 		 500 aa  104  4e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  24.85 
 
 		 726 aa  104  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.09 
 
 		 776 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.69 
 
 		 662 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  29.32 
 
 		 715 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  28.71 
 
 		 712 aa  102  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  27.63 
 
 		 745 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  26.22 
 
 		 710 aa  101  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  28.04 
 
 		 751 aa  100  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  27.13 
 
 		 697 aa  99.8  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  28.43 
 
 		 672 aa  99.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 781 aa  97.8  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  27.3 
 
 		 805 aa  97.1  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  27.72 
 
 		 781 aa  96.7  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  31.07 
 
 		 673 aa  96.3  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  26.88 
 
 		 733 aa  95.9  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  30.38 
 
 		 915 aa  95.5  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  22.61 
 
 		 715 aa  95.1  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  27.27 
 
 		 640 aa  94.7  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  28.34 
 
 		 736 aa  94.7  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  34.22 
 
 		 527 aa  94.7  4e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  30.07 
 
 		 423 aa  94.4  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  27.19 
 
 		 689 aa  94.4  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  28.23 
 
 		 602 aa  94.4  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 696 aa  94  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  27.93 
 
 		 658 aa  94  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.95 
 
 		 740 aa  94  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  27.41 
 
 		 704 aa  93.6  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  27.11 
 
 		 702 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  28.37 
 
 		 703 aa  92.8  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  28.87 
 
 		 714 aa  93.2  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  27.95 
 
 		 640 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  26.09 
 
 		 706 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  26.5 
 
 		 705 aa  92  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  29.41 
 
 		 787 aa  92.4  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 829 aa  92.4  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  26.57 
 
 		 724 aa  91.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 635 aa  92  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  27.08 
 
 		 700 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  27.08 
 
 		 700 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  27.35 
 
 		 710 aa  91.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  26.9 
 
 		 810 aa  91.3  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>