More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0355 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0356  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.43 
 
 
479 aa  807  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.207602  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0411  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  78.9 
 
 
489 aa  767  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.95093  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0428  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.1 
 
 
488 aa  818  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.19875  hitchhiker  9.35532e-11 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.55 
 
 
480 aa  638  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0403  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.1 
 
 
488 aa  818  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0491685  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4672  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.45 
 
 
486 aa  649  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0155778  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00903  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.44 
 
 
485 aa  712  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3742  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.22 
 
 
488 aa  836  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0113506  hitchhiker  3.37645e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0402  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.1 
 
 
488 aa  818  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.366897  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3803  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.39 
 
 
485 aa  789  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.595794  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2643  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.83 
 
 
487 aa  683  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4511  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.5 
 
 
482 aa  635  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0849  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.31 
 
 
474 aa  646  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3518  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.47 
 
 
484 aa  649  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0414  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.1 
 
 
488 aa  818  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104727 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3810  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  81.3 
 
 
489 aa  771  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144086  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3569  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.22 
 
 
488 aa  837  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  5.67341e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4532  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  77.71 
 
 
489 aa  761  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.323357  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0387  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.22 
 
 
488 aa  836  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110933  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4983  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.55 
 
 
480 aa  638  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80635  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1338  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.94 
 
 
482 aa  638  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0752628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0923  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.19 
 
 
480 aa  635  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0488  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.1 
 
 
488 aa  826  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4218  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  86.01 
 
 
488 aa  834  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3452  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.54 
 
 
484 aa  796  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000273756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4407  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  65.58 
 
 
486 aa  646  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.1 
 
 
481 aa  636  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1148  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  70.95 
 
 
487 aa  657  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1978  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.71 
 
 
486 aa  683  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0586657  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004489  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  69.65 
 
 
485 aa  714  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276736  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4101  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.8 
 
 
486 aa  643  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.506698  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13260  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.44 
 
 
488 aa  634  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.701175  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0355  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  100 
 
 
484 aa  990  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000792879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4386  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.72 
 
 
482 aa  636  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0804649  normal  0.186953 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4464  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  70.37 
 
 
503 aa  665  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.504699  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0945  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.29 
 
 
482 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3517  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.64 
 
 
500 aa  631  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2917  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.64 
 
 
507 aa  630  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.813315  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3386  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.64 
 
 
500 aa  631  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.643221  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0762  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.15 
 
 
492 aa  615  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0384116  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03257  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.97 
 
 
481 aa  615  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0611  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.18 
 
 
486 aa  615  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.161484  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3779  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
486 aa  615  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.60194  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0359  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.39 
 
 
476 aa  617  1e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3591  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.34 
 
 
486 aa  612  1e-174  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  64.29 
 
 
473 aa  610  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  5.96507e-12 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0649  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.39 
 
 
486 aa  607  1e-172  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40129  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0141  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
491 aa  604  1e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0846069  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0141  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
491 aa  603  1e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.981811  hitchhiker  7.6686e-07 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0145  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
491 aa  603  1e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.757976 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0146  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
491 aa  604  1e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00608267  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0138  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
491 aa  604  1e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.452128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0093  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.27 
 
 
491 aa  600  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00127987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0096  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.27 
 
 
491 aa  600  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0263957  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0097  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.27 
 
 
491 aa  600  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0154515  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0637  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.55 
 
 
491 aa  598  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00852309  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00092  UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase  65.27 
 
 
491 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.587237  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00091  hypothetical protein  65.27 
 
 
491 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.517362  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0099  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.27 
 
 
491 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721089  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0084  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.93 
 
 
491 aa  597  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3566  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.93 
 
 
491 aa  597  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.760488  hitchhiker  0.00715106 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3509  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  64.93 
 
 
491 aa  597  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402101  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0518  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  56.39 
 
 
490 aa  572  1e-162  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0525  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.83 
 
 
476 aa  565  1e-160  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0132374  hitchhiker  6.36277e-05 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2189  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.92 
 
 
488 aa  556  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.916077  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2428  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  60.22 
 
 
472 aa  551  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2031  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.24 
 
 
479 aa  550  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345646  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1750  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.02 
 
 
479 aa  550  1e-155  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0120  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.26 
 
 
463 aa  548  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0146201 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3426  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.94 
 
 
471 aa  547  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.294637  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0451  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  57.68 
 
 
491 aa  547  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.367175  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2672  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.3 
 
 
464 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2978  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.59 
 
 
475 aa  542  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.680474  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0487  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.86 
 
 
467 aa  542  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0267427  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3543  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  538  1e-152  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2860  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  62.31 
 
 
476 aa  541  1e-152  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0184261  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1119  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.91 
 
 
465 aa  540  1e-152  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3127  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.41 
 
 
471 aa  540  1e-152  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3549  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  538  1e-152  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2192  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  61.59 
 
 
479 aa  541  1e-152  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604206  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3524  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  538  1e-152  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3469  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.64 
 
 
467 aa  538  1e-152  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0154582  hitchhiker  0.00481744 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0471  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2843  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.58 
 
 
483 aa  535  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2268  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.7 
 
 
475 aa  538  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3088  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.79 
 
 
483 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.47524  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3233  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2550  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.13 
 
 
465 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.08 
 
 
477 aa  533  1e-150  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2723  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.36 
 
 
483 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.87 
 
 
477 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3646  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.03 
 
 
465 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1076  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.09 
 
 
467 aa  530  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2667  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.97 
 
 
469 aa  528  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3416  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.12 
 
 
478 aa  528  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.971134 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0464  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.5 
 
 
465 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.300994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0770  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  63.3 
 
 
475 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.565626  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2537  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.75 
 
 
469 aa  527  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3497  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.86 
 
 
463 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0772832  normal  0.207308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>