More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0169 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  52.37 
 
 
686 aa  650    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  82.24 
 
 
714 aa  1152    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  81.08 
 
 
724 aa  1153    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  56.44 
 
 
697 aa  783    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  81.78 
 
 
704 aa  1157    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  84.09 
 
 
707 aa  1152    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  54.86 
 
 
658 aa  701    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  51.91 
 
 
686 aa  644    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  54.81 
 
 
662 aa  705    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  81.61 
 
 
703 aa  1152    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  82.5 
 
 
705 aa  1165    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  54.41 
 
 
674 aa  688    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  82.24 
 
 
710 aa  1130    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  82.6 
 
 
702 aa  1164    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  80.94 
 
 
705 aa  1161    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  82.36 
 
 
705 aa  1158    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  82.18 
 
 
704 aa  1159    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  52.37 
 
 
686 aa  650    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  56.44 
 
 
689 aa  737    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  52.21 
 
 
686 aa  647    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  83.78 
 
 
700 aa  1177    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  55.24 
 
 
675 aa  724    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  83.78 
 
 
700 aa  1177    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  77.7 
 
 
710 aa  1112    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  52.37 
 
 
686 aa  650    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  56.55 
 
 
681 aa  766    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  54.75 
 
 
672 aa  704    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  100 
 
 
703 aa  1419    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  83.07 
 
 
706 aa  1178    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  49.92 
 
 
640 aa  595  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  49.69 
 
 
640 aa  591  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  46.26 
 
 
650 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  46.11 
 
 
654 aa  559  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  47.31 
 
 
655 aa  560  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  46.03 
 
 
654 aa  557  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  44.12 
 
 
660 aa  487  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  40.85 
 
 
640 aa  465  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  40.85 
 
 
640 aa  465  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  40.54 
 
 
640 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.33 
 
 
655 aa  412  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.88 
 
 
673 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  34.01 
 
 
670 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  33.88 
 
 
666 aa  351  3e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  34.6 
 
 
645 aa  345  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  35.1 
 
 
658 aa  345  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  35.74 
 
 
658 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.49 
 
 
634 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  35.29 
 
 
650 aa  335  2e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  58.03 
 
 
714 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  35.11 
 
 
703 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.23 
 
 
748 aa  326  7e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  32.07 
 
 
696 aa  325  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  56.93 
 
 
716 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  34 
 
 
758 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.49 
 
 
776 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.94 
 
 
725 aa  316  7e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  35.86 
 
 
650 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.89 
 
 
649 aa  302  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  33.05 
 
 
740 aa  297  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.23 
 
 
750 aa  294  4e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  32.08 
 
 
702 aa  282  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 
717 aa  281  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.76 
 
 
738 aa  281  4e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  31.52 
 
 
744 aa  280  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  29.93 
 
 
791 aa  280  6e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
750 aa  280  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
757 aa  280  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
757 aa  280  7e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
757 aa  280  7e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
757 aa  280  7e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
757 aa  280  7e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  32.46 
 
 
747 aa  280  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  32.14 
 
 
793 aa  279  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  29.93 
 
 
791 aa  278  2e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  30.93 
 
 
757 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.39 
 
 
728 aa  273  8.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.36 
 
 
807 aa  273  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.75 
 
 
736 aa  273  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.71 
 
 
803 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.23 
 
 
732 aa  271  4e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  29.56 
 
 
783 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  31.24 
 
 
753 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.79 
 
 
781 aa  265  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 
774 aa  264  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.75 
 
 
781 aa  264  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.11 
 
 
748 aa  261  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.27 
 
 
799 aa  257  4e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 
682 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  31.29 
 
 
636 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.07 
 
 
804 aa  241  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 
641 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  30.93 
 
 
632 aa  231  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.02 
 
 
635 aa  230  9e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  27.97 
 
 
648 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  38.03 
 
 
584 aa  224  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  37.79 
 
 
584 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.82 
 
 
630 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  40.34 
 
 
805 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.39 
 
 
810 aa  214  5.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  37.24 
 
 
584 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>