140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0095 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  100 
 
 
276 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  64 
 
 
281 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  64 
 
 
281 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  5.4615e-07 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  64 
 
 
281 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  65.22 
 
 
280 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  62.91 
 
 
281 aa  384  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  64.86 
 
 
280 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.04779e-08  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  63.27 
 
 
281 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  64.49 
 
 
280 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  64.49 
 
 
280 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  61.59 
 
 
278 aa  366  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  59.42 
 
 
278 aa  359  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  60.87 
 
 
278 aa  358  6e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  3.13005e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  60.51 
 
 
279 aa  355  6e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  59.85 
 
 
283 aa  346  2e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  5.02611e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  56.73 
 
 
280 aa  332  3e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  44.07 
 
 
277 aa  220  2e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.40187e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  40.74 
 
 
278 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  40.74 
 
 
278 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  41.39 
 
 
280 aa  216  5e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  40.96 
 
 
278 aa  214  9e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  43.75 
 
 
280 aa  211  8e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  40.22 
 
 
277 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  40.44 
 
 
277 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  40.81 
 
 
276 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  42.12 
 
 
276 aa  205  8e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  42.49 
 
 
276 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  42.49 
 
 
274 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  42.49 
 
 
274 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  42.49 
 
 
276 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  41.76 
 
 
276 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  42.49 
 
 
276 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  41.45 
 
 
280 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  40.08 
 
 
259 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  39.93 
 
 
274 aa  199  4e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  40.91 
 
 
295 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  40.51 
 
 
279 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  38.38 
 
 
280 aa  184  1e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  37.92 
 
 
292 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  37.64 
 
 
287 aa  152  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  32.97 
 
 
293 aa  121  1e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  34.19 
 
 
289 aa  117  2e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  43.06 
 
 
285 aa  111  1e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  29.86 
 
 
292 aa  111  1e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  32.29 
 
 
295 aa  110  4e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  31.6 
 
 
295 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  31.29 
 
 
295 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  34.02 
 
 
284 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  45.65 
 
 
224 aa  105  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  40.69 
 
 
289 aa  105  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  34.62 
 
 
286 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  42.86 
 
 
290 aa  99  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  44.93 
 
 
290 aa  99  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  41.26 
 
 
281 aa  95.9  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  33.05 
 
 
286 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
340 aa  90.5  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  35.16 
 
 
286 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  29.89 
 
 
327 aa  66.6  5e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  26.76 
 
 
487 aa  60.8  3e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  26.76 
 
 
487 aa  60.8  3e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  27.81 
 
 
342 aa  58.2  1e-07  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  27.81 
 
 
342 aa  57.8  2e-07  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  27.96 
 
 
356 aa  56.6  4e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  29.08 
 
 
207 aa  56.2  6e-07  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  28 
 
 
303 aa  55.5  9e-07  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  28.57 
 
 
360 aa  53.9  2e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  34.21 
 
 
326 aa  53.5  3e-06  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  28.57 
 
 
360 aa  53.9  3e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  25.91 
 
 
318 aa  53.1  5e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  24.88 
 
 
486 aa  52.8  6e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  31.25 
 
 
303 aa  52.8  6e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  28.48 
 
 
513 aa  52.4  9e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  28.28 
 
 
226 aa  52  1e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  25.67 
 
 
205 aa  52  1e-05  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  30.53 
 
 
279 aa  51.2  2e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  28.4 
 
 
223 aa  50.4  3e-05  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  22.9 
 
 
519 aa  50.4  3e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  28.81 
 
 
625 aa  50.1  4e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  25.99 
 
 
219 aa  49.7  5e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.02271e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  28.28 
 
 
303 aa  50.1  5e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  4.50745e-06 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  26.87 
 
 
279 aa  49.3  7e-05  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  31.76 
 
 
290 aa  48.9  8e-05  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  29.33 
 
 
293 aa  48.1  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  25.39 
 
 
267 aa  48.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  27.67 
 
 
625 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  26.59 
 
 
276 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  26.32 
 
 
389 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  29.73 
 
 
261 aa  47.8  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  27.45 
 
 
235 aa  47.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  26.29 
 
 
227 aa  47.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  31.79 
 
 
209 aa  47.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  27.45 
 
 
235 aa  47.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  25.83 
 
 
224 aa  47  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>