298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0087 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0087  amidohydrolase  100 
 
 
423 aa  857  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0161193  normal  0.19517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  60.47 
 
 
430 aa  502  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  59.72 
 
 
431 aa  500  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  60.79 
 
 
455 aa  492  1e-138  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  58.42 
 
 
426 aa  469  1e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13368  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  53.99 
 
 
426 aa  451  1e-125  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.256749  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  52.93 
 
 
440 aa  432  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  43.35 
 
 
438 aa  325  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  45.27 
 
 
433 aa  323  3e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  43.8 
 
 
433 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  41.22 
 
 
459 aa  306  5e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  42.57 
 
 
444 aa  299  7e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  42.08 
 
 
432 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  40.52 
 
 
437 aa  293  5e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  42.22 
 
 
407 aa  285  1e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  40.93 
 
 
445 aa  281  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  40.19 
 
 
426 aa  281  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  39.2 
 
 
434 aa  274  2e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  39.32 
 
 
430 aa  269  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  41.39 
 
 
433 aa  268  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  38.14 
 
 
431 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  38.86 
 
 
428 aa  254  2e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2437  amidohydrolase  39.81 
 
 
411 aa  254  2e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3822  amidohydrolase  39.28 
 
 
408 aa  253  4e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3761  amidohydrolase  39.28 
 
 
408 aa  253  4e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225154  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3749  amidohydrolase  39.28 
 
 
408 aa  253  4e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  37.62 
 
 
441 aa  246  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4292  amidohydrolase  40.1 
 
 
402 aa  246  5e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  37.96 
 
 
422 aa  245  9e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  37.7 
 
 
426 aa  245  1e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4215  amidohydrolase  38.83 
 
 
412 aa  242  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33185  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  39.25 
 
 
444 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  41.83 
 
 
423 aa  239  6e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4188  amidohydrolase  38.89 
 
 
421 aa  236  5e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  35.37 
 
 
405 aa  236  8e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  36.48 
 
 
407 aa  233  4e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3308  amidohydrolase  38.29 
 
 
419 aa  231  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692035  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  40.39 
 
 
428 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2466  amidohydrolase  36.96 
 
 
424 aa  225  9e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.357249  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3237  amidohydrolase  37.23 
 
 
404 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.136124  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  39.13 
 
 
426 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2978  amidohydrolase  35.44 
 
 
429 aa  221  2e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4855  amidohydrolase  36.43 
 
 
403 aa  220  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.165345  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3728  amidohydrolase  36.08 
 
 
417 aa  219  8e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3788  amidohydrolase  36.08 
 
 
417 aa  219  8e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.463322  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3715  amidohydrolase  36.08 
 
 
417 aa  219  8e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.355417  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5037  amidohydrolase  36.23 
 
 
432 aa  217  3e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1408  amidohydrolase  37.82 
 
 
402 aa  216  6e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.321357  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3368  amidohydrolase  35.94 
 
 
414 aa  213  7e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.929128  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  37.57 
 
 
413 aa  210  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2646  amidohydrolase  35.56 
 
 
407 aa  209  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0479  amidohydrolase  36.21 
 
 
401 aa  206  5e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  34.56 
 
 
470 aa  205  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1238  amidohydrolase  36.71 
 
 
444 aa  198  2e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0871897  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2377  amidohydrolase  33.41 
 
 
421 aa  197  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134161  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  33.65 
 
 
423 aa  194  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  33.65 
 
 
421 aa  190  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1867  amidohydrolase  37.71 
 
 
480 aa  189  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445197  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  32.52 
 
 
400 aa  189  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0333  amidohydrolase  35.06 
 
 
407 aa  186  1e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2932  amidohydrolase  32.78 
 
 
431 aa  181  3e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2089  amidohydrolase  36.39 
 
 
416 aa  181  3e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608536  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  33.81 
 
 
420 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1130  amidohydrolase  32.52 
 
 
425 aa  177  3e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.474819 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  31.6 
 
 
443 aa  177  4e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4994  amidohydrolase  32.93 
 
 
413 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.939807 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1959  amidohydrolase  35.05 
 
 
409 aa  175  2e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1913  amidohydrolase  35.05 
 
 
409 aa  175  2e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.406706  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1893  amidohydrolase  35.05 
 
 
409 aa  174  2e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0268  putative Xaa-Pro dipeptidase  31.79 
 
 
451 aa  173  4e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309565  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0159  amidohydrolase  32.16 
 
 
415 aa  172  7e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3973  amidohydrolase  31.2 
 
 
409 aa  172  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2801  prolidase, putative  32.28 
 
 
419 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00617614  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2646  amidohydrolase  34.07 
 
 
391 aa  172  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2139  amidohydrolase  34.67 
 
 
408 aa  170  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.018924 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2609  amidohydrolase  32.52 
 
 
396 aa  169  7e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2529  amidohydrolase  32.28 
 
 
419 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.403539  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0890  amidohydrolase  33.17 
 
 
412 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.559583  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  33.01 
 
 
445 aa  168  2e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1661  hypothetical protein  33.49 
 
 
436 aa  168  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  31.73 
 
 
413 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  31.73 
 
 
413 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06184  prolidase  31.83 
 
 
420 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3872  amidohydrolase  30.77 
 
 
419 aa  166  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0331  Imidazolonepropionase  33.18 
 
 
448 aa  165  1e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1219  amidohydrolase  33.33 
 
 
390 aa  165  1e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.82253  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3137  amidohydrolase  31.96 
 
 
411 aa  163  4e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4503  amidohydrolase  30.02 
 
 
408 aa  162  8e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3028  putative prolidase (Xaa-Pro dipeptidase)  31.65 
 
 
436 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0496396  normal  0.0296694 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3965  amidohydrolase  30.19 
 
 
411 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1037  amidohydrolase  31.54 
 
 
405 aa  160  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4194  amidohydrolase  30.15 
 
 
406 aa  160  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268221  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2450  amidohydrolase  31.71 
 
 
478 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0545  amidohydrolase  32.52 
 
 
415 aa  158  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0436  amidohydrolase  32.69 
 
 
417 aa  158  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1727  amidohydrolase  31.71 
 
 
486 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5427  amidohydrolase  31.71 
 
 
432 aa  155  9e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.726254  normal  0.0808338 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4208  amidohydrolase  32.45 
 
 
391 aa  155  9e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.309856  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5232  amidohydrolase  31.98 
 
 
434 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0420  amidohydrolase  32.02 
 
 
418 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>