More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0077 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0077  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
391 aa  797  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1437  MerR family transcriptional regulator  60.88 
 
 
390 aa  510  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0767  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 
390 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04067  SAM-dependent methyltransferase  58.81 
 
 
390 aa  485  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0938  MerR family transcriptional regulator  53.92 
 
 
398 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0250  MerR family transcriptional regulator  53.11 
 
 
392 aa  406  1e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.757542 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7265  MerR family transcriptional regulator  54.12 
 
 
391 aa  406  1e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0966  putative transcriptional regulator  52.33 
 
 
392 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0889  methyltransferase type 11  40.76 
 
 
249 aa  177  4e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0190942  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2976  hypothetical protein  37.19 
 
 
250 aa  173  4e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.3977  normal  0.29484 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0064  Methyltransferase type 11  38.66 
 
 
249 aa  172  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1825  methyltransferase type 11  37.35 
 
 
254 aa  155  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.627869  normal  0.366066 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1685  hypothetical protein  34.31 
 
 
264 aa  150  3e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3419  methyltransferase type 11  33.33 
 
 
261 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381882 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4877  methyltransferase type 11  37.55 
 
 
327 aa  148  1e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0585  methyltransferase type 11  31.76 
 
 
253 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1075  hypothetical protein  30.99 
 
 
250 aa  143  4e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.238827  normal  0.291334 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1584  methyltransferase type 11  37.04 
 
 
250 aa  143  6e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8125  acetyltransferase-like protein  35.1 
 
 
464 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0552  Methyltransferase type 11  38.27 
 
 
247 aa  135  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1585  hypothetical protein  30.31 
 
 
256 aa  135  1e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0350  Methyltransferase type 11  29.18 
 
 
253 aa  132  1e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2073  methyltransferase type 12  33.48 
 
 
239 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.131474  normal  0.216691 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1961  methyltransferase type 12  29.41 
 
 
241 aa  92  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00015321  normal  0.48171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2724  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  30.6 
 
 
239 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1382  methyltransferase type 12  30.17 
 
 
239 aa  90.9  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00680014  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0139  transcriptional regulator, MerR family  36.65 
 
 
183 aa  81.6  2e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2214  transcriptional regulator, MerR family  34.15 
 
 
177 aa  79.7  8e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1193e-12 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2008  transcriptional regulator, MerR family  32.93 
 
 
191 aa  78.2  2e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2779  MerR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
185 aa  76.3  9e-13  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575166  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0264  MerR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
173 aa  72  2e-11  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829201  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1394  MerR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
188 aa  69.7  8e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2794  MerR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
181 aa  65.9  1e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3014  MerR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
195 aa  63.9  5e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.20917  normal  0.37376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  40.57 
 
 
123 aa  63.2  8e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  38.05 
 
 
124 aa  62.4  1e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
133 aa  62.4  1e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  39.45 
 
 
133 aa  61.6  2e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
137 aa  61.6  2e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  35.78 
 
 
141 aa  61.6  2e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  35.78 
 
 
144 aa  62  2e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0744  Methyltransferase type 11  29.41 
 
 
248 aa  61.6  2e-08  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0330334  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  39.45 
 
 
133 aa  61.6  2e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
123 aa  61.6  2e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  35.78 
 
 
141 aa  61.6  2e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 
117 aa  61.2  3e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
119 aa  61.2  3e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  37.96 
 
 
129 aa  60.8  3e-08  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  48.57 
 
 
138 aa  61.2  3e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2298  MerR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
343 aa  60.8  4e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
132 aa  60.8  4e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
132 aa  60.8  4e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2165  MerR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
343 aa  60.8  4e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123028  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2107  regulatory protein, MerR:Albicidin resistance  34.93 
 
 
342 aa  60.8  4e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.814054  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  42.25 
 
 
125 aa  60.5  5e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  37.93 
 
 
138 aa  60.5  5e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.96 
 
 
129 aa  60.1  6e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  40.57 
 
 
122 aa  60.1  6e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
128 aa  60.1  7e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  32.41 
 
 
129 aa  59.7  8e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2070  MerR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
140 aa  59.3  1e-07  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00505229  normal  0.800786 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2133  MerR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
140 aa  59.3  1e-07  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0098213 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  40.74 
 
 
129 aa  59.3  1e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2087  MerR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
140 aa  59.3  1e-07  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183046  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3607  zinc-responsive transcriptional regulator  38.38 
 
 
141 aa  59.3  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0303153  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
150 aa  59.3  1e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3680  zinc-responsive transcriptional regulator  38.38 
 
 
141 aa  59.3  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2665  MerR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
639 aa  58.5  2e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3608  zinc-responsive transcriptional regulator  38.38 
 
 
141 aa  58.5  2e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  34.81 
 
 
139 aa  58.2  2e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3778  zinc-responsive transcriptional regulator  38.38 
 
 
141 aa  58.5  2e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.508161  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3715  zinc-responsive transcriptional regulator  38.38 
 
 
141 aa  58.5  2e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.325937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  38.53 
 
 
234 aa  58.9  2e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  39.25 
 
 
135 aa  58.5  2e-07  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  32.41 
 
 
129 aa  58.9  2e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  29.6 
 
 
131 aa  57.8  3e-07  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
132 aa  57.8  3e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  35.96 
 
 
122 aa  58.2  3e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 
129 aa  57.8  3e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 
148 aa  58.2  3e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 
148 aa  58.2  3e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  1.72555e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03094  hypothetical protein  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
133 aa  57.4  4e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  35.58 
 
 
140 aa  57.4  4e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  36 
 
 
141 aa  57.8  4e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  32.86 
 
 
173 aa  57.4  5e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  35.83 
 
 
130 aa  57.4  5e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
133 aa  57  6e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0913  transcriptional regulator, MerR family  38.68 
 
 
260 aa  57  6e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.260144 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
117 aa  57  6e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1255  mercuric resistance operon regulatory protein MerR  33.33 
 
 
130 aa  57  6e-07  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  32.39 
 
 
159 aa  56.6  7e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1755  MerR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
342 aa  56.6  8e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>