More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0076 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 288 aa  590  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  61.79 
 
 		 289 aa  363  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  53.02 
 
 		 288 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  51.96 
 
 		 286 aa  299  4e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  52.67 
 
 		 288 aa  298  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  52.31 
 
 		 288 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  52.31 
 
 		 288 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 288 aa  279  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  48.04 
 
 		 288 aa  278  7e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 289 aa  264  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 279 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 288 aa  246  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  43.46 
 
 		 286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 289 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  46.49 
 
 		 255 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  38.21 
 
 		 279 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  38.03 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  38.87 
 
 		 265 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  37.06 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 284 aa  192  7e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 350 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  45.91 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  45.91 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  45.91 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  45.91 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  45.91 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  45.91 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  45.91 
 
 		 160 aa  158  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  45.28 
 
 		 160 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  45.91 
 
 		 160 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  30.69 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 326 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  28.22 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  31.27 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  29.31 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  30.96 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  27.62 
 
 		 326 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  27.87 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 277 aa  103  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.53 
 
 		 289 aa  102  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  27.49 
 
 		 289 aa  99  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 300 aa  92  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  27.64 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  28.01 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 279 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 452 aa  87  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 289 aa  86.7  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  25.51 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  44.55 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  25.7 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  25.94 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 436 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>