97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0055 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0055  hypothetical protein  100 
 
 
83 aa  170  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0585048  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0044  hypothetical protein  78.31 
 
 
83 aa  135  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0040  hypothetical protein  79.52 
 
 
84 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.140935  hitchhiker  0.000251454 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0046  hypothetical protein  79.52 
 
 
84 aa  134  3e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  7.39222e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0038  hypothetical protein  78.31 
 
 
84 aa  134  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.304383  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4337  hypothetical protein  77.11 
 
 
84 aa  131  2e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.306758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0038  hypothetical protein  77.11 
 
 
84 aa  130  4e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3703  hypothetical protein  72.29 
 
 
83 aa  130  7e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0042  protein of unknown function UPF0153  77.11 
 
 
84 aa  129  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  2.33524e-12 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0035  hypothetical protein  74.7 
 
 
84 aa  128  2e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80121  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4475  hypothetical protein  73.49 
 
 
83 aa  127  4e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  1.50782e-06  decreased coverage  2.28641e-09 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4025  hypothetical protein  70.73 
 
 
83 aa  127  4e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.90654  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4882  hypothetical protein  73.49 
 
 
83 aa  127  4e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3811  hypothetical protein  69.88 
 
 
84 aa  123  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.214494  normal  0.3125 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4222  hypothetical protein  66.27 
 
 
84 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1006  hypothetical protein  71.95 
 
 
83 aa  122  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0575  hypothetical protein  70.73 
 
 
83 aa  120  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  5.79653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2875  hypothetical protein  63.86 
 
 
88 aa  115  1e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2609  hypothetical protein  63.86 
 
 
88 aa  115  2e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2041  hypothetical protein  68.29 
 
 
83 aa  115  2e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3747  protein of unknown function UPF0153  61.45 
 
 
86 aa  112  2e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4110  hypothetical protein  66.27 
 
 
84 aa  110  4e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0071  hypothetical protein  63.86 
 
 
85 aa  110  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2988  hypothetical protein  63.41 
 
 
87 aa  110  7e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  3.76291e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2510  hypothetical protein  62.65 
 
 
83 aa  110  8e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0872529  normal  0.87408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2002  hypothetical protein  62.65 
 
 
85 aa  110  1e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.786219  normal  0.232569 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2765  hypothetical protein  61.45 
 
 
84 aa  109  2e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.443935  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2359  protein YeiW  62.2 
 
 
92 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.42497e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2404  hypothetical protein  62.2 
 
 
84 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  hitchhiker  3.12382e-05 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2091  protein of unknown function UPF0153  60.24 
 
 
83 aa  105  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0939789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2450  protein YeiW  60.98 
 
 
84 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0381641  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0915  hypothetical protein  63.75 
 
 
105 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558225  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0885  hypothetical protein  63.75 
 
 
105 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.488999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0436  hypothetical protein  63.75 
 
 
105 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.452885  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2476  hypothetical protein  62.96 
 
 
98 aa  104  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1932  hypothetical protein  60.24 
 
 
95 aa  103  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4019  hypothetical protein  63.75 
 
 
122 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.561383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2192  hypothetical protein  60.24 
 
 
85 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.583182  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0649  protein of unknown function UPF0153  57.83 
 
 
85 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572845  normal  0.0906583 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0792  hypothetical protein  61.73 
 
 
105 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44090  putative Fe-S-cluster oxidoreductase  56.63 
 
 
84 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0856  hypothetical protein  61.73 
 
 
94 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0608  protein of unknown function UPF0153  57.83 
 
 
85 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00802731  normal  0.548911 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3121  protein of unknown function UPF0153  61.25 
 
 
109 aa  101  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0024  hypothetical protein  57.32 
 
 
111 aa  101  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.643879 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0356  hypothetical protein  59.04 
 
 
84 aa  100  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0447585 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3059  hypothetical protein  60 
 
 
109 aa  100  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2573  hypothetical protein  60 
 
 
109 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0740  hypothetical protein  60 
 
 
110 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2040  hypothetical protein  60 
 
 
110 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2170  hypothetical protein  60 
 
 
109 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298759  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0043  protein of unknown function UPF0153  56.63 
 
 
88 aa  99.8  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.526455  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3519  hypothetical protein  57.83 
 
 
84 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0353  protein of unknown function UPF0153  55.42 
 
 
85 aa  100  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0115675  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3749  Fe-S-cluster domain-containing protein  57.83 
 
 
134 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3094  hypothetical protein  58.75 
 
 
109 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3121  proteinase inhibitor  57.5 
 
 
146 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3673  protein of unknown function UPF0153  54.22 
 
 
84 aa  97.4  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4195  hypothetical protein  56.63 
 
 
84 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0876839  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3767  hypothetical protein  56.63 
 
 
84 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193087  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0049  hypothetical protein  57.32 
 
 
87 aa  96.3  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0378  protein of unknown function UPF0153  59.04 
 
 
90 aa  96.7  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1510  hypothetical protein  57.5 
 
 
109 aa  95.9  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0423377  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1658  hypothetical protein  56.63 
 
 
84 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29830  hypothetical protein  57.32 
 
 
83 aa  95.9  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0755  hypothetical protein  54.22 
 
 
95 aa  94.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0603  hypothetical protein  60 
 
 
98 aa  94.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0272  hypothetical protein  56.25 
 
 
93 aa  94  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3307  hypothetical protein  53.01 
 
 
128 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000161455  normal  0.0250777 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0042  hypothetical protein  72.13 
 
 
62 aa  93.6  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0871438  unclonable  1.16494e-05 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0686  hypothetical protein  56.1 
 
 
94 aa  92.8  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1487  protein of unknown function UPF0153  53.01 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.07219e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02059  hypothetical protein  53.01 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1477  hypothetical protein  53.01 
 
 
84 aa  92.8  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000628609  hitchhiker  1.39061e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2318  hypothetical protein  53.01 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00260934  hitchhiker  0.00124258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02100  hypothetical protein  53.01 
 
 
84 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.101666  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2696  hypothetical protein  55.42 
 
 
84 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2775  hypothetical protein  55.42 
 
 
84 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3235  hypothetical protein  51.81 
 
 
84 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04615e-05 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2707  hypothetical protein  50.6 
 
 
99 aa  90.5  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3788  hypothetical protein  50.6 
 
 
86 aa  88.6  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000190416 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0791  hypothetical protein  55.56 
 
 
73 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.69058e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1512  hypothetical protein  54.76 
 
 
85 aa  87  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.93354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2428  protein of unknown function UPF0153  50.6 
 
 
84 aa  85.5  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1921  protein of unknown function UPF0153  48.19 
 
 
84 aa  80.5  7e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00522326  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1650  hypothetical protein  45.78 
 
 
84 aa  79  2e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0564934  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002895  hypothetical protein  65 
 
 
60 aa  78.6  3e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03079  hypothetical protein  63.33 
 
 
60 aa  77.8  5e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2331  protein of unknown function UPF0153  46.99 
 
 
85 aa  77  9e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0699  hypothetical protein  49.18 
 
 
63 aa  67.8  4e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00386805  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0803  hypothetical protein  50.82 
 
 
70 aa  65.9  2e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.294591  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3912  hypothetical protein  45.12 
 
 
79 aa  63.9  7e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4193  hypothetical protein  43.33 
 
 
62 aa  61.2  5e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.65496e-05 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03942  proteinase inhibitor  42.62 
 
 
62 aa  58.2  4e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2457  hypothetical protein  44.83 
 
 
75 aa  41.6  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0579  protein of unknown function UPF0153  40.28 
 
 
76 aa  40.8  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000485137  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0592  protein of unknown function UPF0153  39.19 
 
 
76 aa  40.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00030944 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>