More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0049 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  100 
 
 
190 aa  388  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.98 
 
 
188 aa  259  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.98 
 
 
188 aa  259  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.98 
 
 
188 aa  259  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  259  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  65.24 
 
 
188 aa  258  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  66.84 
 
 
188 aa  255  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  66.84 
 
 
188 aa  255  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  66.84 
 
 
188 aa  254  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  66.84 
 
 
188 aa  253  8e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  63.64 
 
 
188 aa  251  5e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.24 
 
 
185 aa  243  1e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.38 
 
 
185 aa  232  2e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  56.68 
 
 
187 aa  228  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.76 
 
 
185 aa  225  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  57.95 
 
 
190 aa  197  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  57.95 
 
 
190 aa  197  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  57.95 
 
 
190 aa  197  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  57.95 
 
 
190 aa  197  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  53.04 
 
 
185 aa  197  7e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  52.22 
 
 
185 aa  197  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  57.39 
 
 
190 aa  196  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  53.04 
 
 
185 aa  193  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  53.53 
 
 
190 aa  189  3e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  53.53 
 
 
190 aa  189  3e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  53.53 
 
 
190 aa  189  3e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.12 
 
 
190 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  53.41 
 
 
205 aa  186  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  53.41 
 
 
205 aa  186  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  53.41 
 
 
190 aa  186  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  52.84 
 
 
190 aa  184  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  52.84 
 
 
190 aa  184  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  52.84 
 
 
190 aa  184  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  52.84 
 
 
190 aa  184  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  52.84 
 
 
205 aa  184  7e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  52.84 
 
 
190 aa  184  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  52 
 
 
189 aa  184  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  53.04 
 
 
200 aa  183  1e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  52.94 
 
 
189 aa  183  1e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.12 
 
 
189 aa  182  2e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  51.43 
 
 
188 aa  182  2e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  53.53 
 
 
189 aa  182  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  46.82 
 
 
183 aa  172  2e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50.58 
 
 
190 aa  162  2e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  47.43 
 
 
185 aa  162  2e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  47.22 
 
 
191 aa  161  5e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  45.66 
 
 
187 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  43.72 
 
 
198 aa  159  3e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  48.6 
 
 
190 aa  158  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  46.29 
 
 
185 aa  156  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.07 
 
 
197 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  45.09 
 
 
187 aa  154  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  41.21 
 
 
209 aa  152  3e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  44.51 
 
 
201 aa  152  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  43.68 
 
 
188 aa  149  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.86 
 
 
185 aa  148  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.66 
 
 
209 aa  148  4e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  43.93 
 
 
196 aa  148  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  40.93 
 
 
192 aa  147  8e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.35 
 
 
186 aa  147  8e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.86 
 
 
191 aa  147  1e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  44.83 
 
 
180 aa  146  2e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.77 
 
 
186 aa  145  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  43.68 
 
 
185 aa  144  7e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.68 
 
 
186 aa  144  8e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  43.1 
 
 
185 aa  143  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  46.2 
 
 
191 aa  143  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.02 
 
 
185 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  41.9 
 
 
185 aa  141  5e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  42.13 
 
 
185 aa  140  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  42.86 
 
 
185 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  43.43 
 
 
185 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  44.57 
 
 
186 aa  136  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  41.76 
 
 
190 aa  134  1e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.86 
 
 
185 aa  133  1e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.71 
 
 
185 aa  132  2e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.29 
 
 
185 aa  131  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  41.62 
 
 
185 aa  131  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.71 
 
 
185 aa  131  8e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  39.66 
 
 
186 aa  119  2e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  39.66 
 
 
186 aa  119  2e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35 
 
 
225 aa  115  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  36.31 
 
 
211 aa  113  2e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.01 
 
 
366 aa  105  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2862  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.84 
 
 
367 aa  104  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  5.66964e-06 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.84 
 
 
326 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1413  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.33 
 
 
205 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.377079 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  35.8 
 
 
322 aa  102  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  35.39 
 
 
314 aa  101  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  35.75 
 
 
350 aa  100  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0460  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32 
 
 
198 aa  99.8  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.69 
 
 
316 aa  99.8  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  34.18 
 
 
337 aa  99  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.14 
 
 
326 aa  98.6  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1564  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.24 
 
 
204 aa  98.6  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.0349e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.32 
 
 
347 aa  98.2  7e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.231595  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.76 
 
 
346 aa  97.8  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_739  translation factor SUA5  31.87 
 
 
213 aa  96.7  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  6.52312e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  33.5 
 
 
214 aa  96.3  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>