233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0034 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0034  hypothetical protein  100 
 
 
206 aa  417  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0046667  normal  0.0751652 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0025  hypothetical protein  60.89 
 
 
204 aa  259  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.224364  normal  0.033343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0021  hypothetical protein  57.84 
 
 
204 aa  254  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0775164  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0023  hypothetical protein  58.91 
 
 
211 aa  254  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.815325  hitchhiker  0.000952494 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0018  hypothetical protein  59.9 
 
 
204 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.919089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0022  protein of unknown function UPF0029  59.41 
 
 
204 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000169816 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0020  hypothetical protein  59.9 
 
 
204 aa  248  3e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0743784  hitchhiker  0.000738865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0026  hypothetical protein  59.9 
 
 
204 aa  247  7e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0810004  hitchhiker  0.0000000252745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0020  hypothetical protein  56.86 
 
 
204 aa  247  7e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0018  hypothetical protein  59.41 
 
 
204 aa  247  8e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464651  normal  0.0620683 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0023  hypothetical protein  58.42 
 
 
204 aa  246  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0015  hypothetical protein  54.68 
 
 
204 aa  245  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.536697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0022  hypothetical protein  58.91 
 
 
204 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.977624  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0023  hypothetical protein  63.07 
 
 
176 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0828384  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0015  hypothetical protein  54.95 
 
 
204 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.191945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0017  hypothetical protein  53.03 
 
 
208 aa  222  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0264  hypothetical protein  45.45 
 
 
204 aa  179  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00131939  normal  0.0250602 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4229  hypothetical protein  45.45 
 
 
204 aa  175  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000219511  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3931  hypothetical protein  43.94 
 
 
203 aa  174  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.457043  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1914  hypothetical protein  43.94 
 
 
203 aa  174  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00064118  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0285  hypothetical protein  43.94 
 
 
203 aa  174  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000001725  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3899  hypothetical protein  42.93 
 
 
204 aa  174  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00283954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3745  hypothetical protein  44 
 
 
204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00302159  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0196  elongation factor  42.86 
 
 
207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1571  hypothetical protein  45.69 
 
 
202 aa  168  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4371  hypothetical protein  46.46 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4162  hypothetical protein  46.5 
 
 
205 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0381893  hitchhiker  0.0000831038 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4215  hypothetical protein  46.46 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000733457  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5287  hypothetical protein  46.5 
 
 
205 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00411387  hitchhiker  0.00913074 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4071  hypothetical protein  46.5 
 
 
205 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000121216  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2975  hypothetical protein  40.1 
 
 
204 aa  162  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4311  hypothetical protein  46.46 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.521499  normal  0.36951 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4318  hypothetical protein  46 
 
 
205 aa  162  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000068448  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4042  hypothetical protein  41.41 
 
 
203 aa  162  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0955788  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4367  hypothetical protein  46 
 
 
205 aa  162  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000932269  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4192  hypothetical protein  46.46 
 
 
204 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.121716  normal  0.896932 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4264  hypothetical protein  46.46 
 
 
204 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03739  predicted elongation factor  46.46 
 
 
204 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4133  protein of unknown function UPF0029  45.96 
 
 
204 aa  159  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0235776  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03688  hypothetical protein  46.46 
 
 
204 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.154507  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3947  hypothetical protein  45.96 
 
 
204 aa  159  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.037804  decreased coverage  0.00180988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1310  hypothetical protein  45 
 
 
205 aa  159  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00619746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4232  hypothetical protein  39.9 
 
 
203 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0996008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001987  hypothetical protein  38.86 
 
 
207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00461  hypothetical protein  38.86 
 
 
207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0014  hypothetical protein  40.5 
 
 
208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0605  hypothetical protein  45.05 
 
 
209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.313506  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2891  hypothetical protein  37.93 
 
 
205 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.373114  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03138  hypothetical protein  35.08 
 
 
206 aa  137  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0944  hypothetical protein  36.54 
 
 
242 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2535  hypothetical protein  39.59 
 
 
210 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000701111  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2481  hypothetical protein  47.5 
 
 
219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0899  protein of unknown function UPF0029  36.32 
 
 
211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000186376  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2192  hypothetical protein  36.87 
 
 
198 aa  129  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2174  hypothetical protein  34.78 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.279701  normal  0.249309 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0035  hypothetical protein  35.43 
 
 
198 aa  122  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000127558  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3126  hypothetical protein  35.5 
 
 
209 aa  122  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2867  hypothetical protein  31.98 
 
 
201 aa  122  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0246  hypothetical protein  33.33 
 
 
211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1317  hypothetical protein  34.48 
 
 
208 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000207664  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3177  protein of unknown function UPF0029  41.06 
 
 
274 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0023  hypothetical protein  36.57 
 
 
198 aa  115  5e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.132491  normal  0.0840592 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0405  hypothetical protein  34.69 
 
 
208 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06100  conserved hypothetical protein TIGR00257  37.91 
 
 
210 aa  111  7.000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4570  hypothetical protein  36.56 
 
 
194 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000582787  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0030  hypothetical protein  36.16 
 
 
198 aa  111  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000164661  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0695  hypothetical protein  42.01 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3825  hypothetical protein  42.67 
 
 
245 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0366225  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5111  hypothetical protein  42.11 
 
 
213 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1726  protein of unknown function UPF0029  34.69 
 
 
216 aa  109  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3475  protein of unknown function UPF0029  36.56 
 
 
194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0674  hypothetical protein  35.57 
 
 
197 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3277  hypothetical protein  36.02 
 
 
195 aa  108  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.78794  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3148  protein of unknown function UPF0029  36.02 
 
 
194 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0638  hypothetical protein  36.56 
 
 
194 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000134379 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0592  protein of unknown function UPF0029  36.55 
 
 
210 aa  106  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.655997 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0134  protein of unknown function UPF0029  32.04 
 
 
207 aa  105  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000670968  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1832  hypothetical protein  35.48 
 
 
195 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.971114  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0770  hypothetical protein  33.85 
 
 
197 aa  104  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634391  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1379  hypothetical protein  41.04 
 
 
199 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.262935  normal  0.051322 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3242  protein of unknown function UPF0029  31.15 
 
 
213 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2179  protein of unknown function UPF0029  31.35 
 
 
204 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.509167  normal  0.553697 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1335  hypothetical protein  30.22 
 
 
221 aa  104  1e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000275512  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2244  hypothetical protein  34.72 
 
 
194 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891523  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4071  hypothetical protein  35.6 
 
 
195 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0233425  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8747  predicted protein  35.98 
 
 
190 aa  102  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.336863  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6009  protein of unknown function UPF0029  35.23 
 
 
239 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.69631 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3596  hypothetical protein  35.6 
 
 
195 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.466647  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0518  protein of unknown function UPF0029  38.04 
 
 
197 aa  102  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0361  hypothetical protein  30.24 
 
 
210 aa  102  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl056  putative proline dipeptidase  34.52 
 
 
232 aa  102  5e-21  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4011  hypothetical protein  45.67 
 
 
218 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.798676 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0335  hypothetical protein  31.89 
 
 
214 aa  101  6e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0415  hypothetical protein  31.52 
 
 
213 aa  101  7e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24840  hypothetical protein  34.21 
 
 
225 aa  101  8e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.070142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0682  hypothetical protein  34.38 
 
 
193 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000348018  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1630  protein of unknown function UPF0029  35.79 
 
 
197 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329042  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2244  hypothetical protein  35.83 
 
 
222 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0593  hypothetical protein  37.1 
 
 
194 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.195431  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0633  hypothetical protein  37.1 
 
 
194 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000102941  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>