263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0025 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 
689 aa  1389  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.39 
 
 
688 aa  666  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.7 
 
 
694 aa  1115  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.8 
 
 
689 aa  951  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.94 
 
 
689 aa  953  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  77.36 
 
 
689 aa  1067  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.39104e-08 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  48.7 
 
 
690 aa  648  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.65 
 
 
689 aa  953  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.41 
 
 
689 aa  1129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.02 
 
 
689 aa  1101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.65 
 
 
689 aa  953  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.65 
 
 
689 aa  953  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.8 
 
 
689 aa  951  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.94 
 
 
689 aa  955  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  77.94 
 
 
689 aa  1097  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.8 
 
 
689 aa  951  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.65 
 
 
689 aa  953  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.22 
 
 
699 aa  689  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.52 
 
 
693 aa  660  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.02 
 
 
688 aa  1072  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.27788e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.29 
 
 
689 aa  1096  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  61.92 
 
 
688 aa  869  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  79.39 
 
 
689 aa  1082  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.65 
 
 
689 aa  946  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.87 
 
 
689 aa  1114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.4 
 
 
694 aa  1129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.87 
 
 
688 aa  1072  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.87 
 
 
688 aa  1070  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.20926e-07 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.62 
 
 
688 aa  895  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.73 
 
 
688 aa  910  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.52 
 
 
692 aa  847  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.77 
 
 
697 aa  644  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.87 
 
 
689 aa  1100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.87 
 
 
693 aa  889  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.52 
 
 
689 aa  952  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  67.78 
 
 
688 aa  888  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.47 
 
 
688 aa  912  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.94 
 
 
689 aa  953  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.87 
 
 
689 aa  1102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.99537e-06 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  51.38 
 
 
696 aa  699  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  70.39 
 
 
689 aa  969  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  68.8 
 
 
689 aa  951  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.84 
 
 
684 aa  636  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.13 
 
 
684 aa  641  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.45 
 
 
688 aa  1096  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.94 
 
 
689 aa  957  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.09 
 
 
689 aa  956  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.18 
 
 
688 aa  796  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.38 
 
 
689 aa  951  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  68.8 
 
 
689 aa  951  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.29 
 
 
692 aa  811  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.8 
 
 
689 aa  951  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.38 
 
 
689 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.58 
 
 
684 aa  655  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.38 
 
 
689 aa  948  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  49.2 
 
 
691 aa  653  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.6 
 
 
694 aa  952  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  69.52 
 
 
689 aa  952  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.19 
 
 
697 aa  634  1e-180  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.19 
 
 
697 aa  633  1e-180  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.13 
 
 
684 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.15 
 
 
684 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50 
 
 
685 aa  624  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  48.25 
 
 
693 aa  624  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.26 
 
 
685 aa  622  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.57 
 
 
690 aa  622  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.24 
 
 
684 aa  614  1e-174  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.95 
 
 
684 aa  608  1e-172  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  5.38802e-07 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.88 
 
 
689 aa  606  1e-172  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.95 
 
 
683 aa  608  1e-172  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  2.35888e-11 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.18 
 
 
692 aa  608  1e-172  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.02 
 
 
692 aa  607  1e-172  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.8 
 
 
683 aa  603  1e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  2.90731e-10 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.28 
 
 
693 aa  565  1e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.04 
 
 
688 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  44.7 
 
 
696 aa  556  1e-157  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  43.6 
 
 
688 aa  551  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.99 
 
 
693 aa  535  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.89 
 
 
699 aa  525  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.59 
 
 
699 aa  516  1e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.44 
 
 
699 aa  516  1e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.05 
 
 
699 aa  505  1e-142  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.98 
 
 
697 aa  507  1e-142  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.05 
 
 
699 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.42 
 
 
699 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.42 
 
 
699 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.67 
 
 
697 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
699 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
699 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0597  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.99 
 
 
699 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
699 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.38 
 
 
697 aa  496  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03829  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.87 
 
 
745 aa  498  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
699 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.28 
 
 
699 aa  498  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0584  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.99 
 
 
699 aa  494  1e-138  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.41 
 
 
695 aa  495  1e-138  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.93 
 
 
704 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.88 
 
 
707 aa  491  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2729  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.05 
 
 
699 aa  492  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>