225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0021 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0021  hypothetical protein  100 
 
 
241 aa  490  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312119 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0006  LamB/YcsF family protein  53.85 
 
 
242 aa  240  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0008  LamB/YcsF family protein  51.49 
 
 
246 aa  238  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  1.19793e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0010  LamB/YcsF family protein  50.66 
 
 
248 aa  233  2e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55714e-08 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0728  LamB/YcsF family protein  49.15 
 
 
244 aa  225  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190889  normal  0.45791 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0738  LamB/YcsF family protein  49.15 
 
 
244 aa  225  5e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0761  LamB/YcsF family protein  49.15 
 
 
244 aa  225  5e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00662  hypothetical protein  48.72 
 
 
244 aa  224  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2942  LamB/YcsF family protein  48.72 
 
 
244 aa  224  8e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00673  hypothetical protein  48.72 
 
 
244 aa  224  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0630  LamB/YcsF family protein  48.72 
 
 
244 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2169  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 
247 aa  220  1e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.514078  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0803  LamB/YcsF family protein  48.92 
 
 
244 aa  220  2e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.179932  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2372  LamB/YcsF family protein  48.31 
 
 
247 aa  220  2e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.839401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  48.5 
 
 
246 aa  219  4e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2923  LamB/YcsF family protein  48.71 
 
 
244 aa  218  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.140615  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1972  LamB/YcsF family protein  48.31 
 
 
256 aa  218  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4381  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 
246 aa  216  2e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.284094  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0822  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 
244 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0506032  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0774  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 
244 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.846244 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1138  LamB/YcsF family protein  48.26 
 
 
245 aa  214  1e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0027  LamB/YcsF family protein  45.15 
 
 
247 aa  213  2e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.529091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  48.07 
 
 
246 aa  213  2e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0871  LamB/YcsF family protein  46.98 
 
 
244 aa  213  3e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0761  LamB/YcsF family protein  46.98 
 
 
244 aa  212  3e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4365  LamB/YcsF family protein  47.86 
 
 
246 aa  213  3e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1257  LamB/YcsF family protein  47.83 
 
 
245 aa  212  4e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.187621  normal  0.809316 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1216  LamB/YcsF family protein  47.21 
 
 
245 aa  211  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653039  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  44.21 
 
 
257 aa  210  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0837  LamB/YcsF family protein  46.55 
 
 
244 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610355 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0228  LamB/YcsF family protein  46.86 
 
 
254 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0447  LamB/YcsF family protein  46.44 
 
 
262 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0251  LamB/YcsF family protein  46.44 
 
 
254 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0264  LamB/YcsF family protein  46.44 
 
 
254 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0974794  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  46.75 
 
 
245 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.33292e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3591  LamB/YcsF family protein  46.75 
 
 
245 aa  208  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  46.75 
 
 
245 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.36688e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  46.15 
 
 
250 aa  207  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  45.68 
 
 
256 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  46.06 
 
 
255 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2113  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
254 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2978  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
254 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3309  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
254 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.716241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3370  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
254 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  45.87 
 
 
254 aa  205  5e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1228  LamB/YcsF family protein  45.89 
 
 
245 aa  204  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 
250 aa  204  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  46.28 
 
 
274 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  44.63 
 
 
254 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  45.3 
 
 
250 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2920  LamB/YcsF family protein  49.13 
 
 
245 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  44.35 
 
 
252 aa  201  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  45.61 
 
 
251 aa  201  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2827  LamB/YcsF family protein  45.61 
 
 
245 aa  200  1e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  hitchhiker  0.00875882 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  41.63 
 
 
255 aa  199  4e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  43.28 
 
 
258 aa  198  5e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6386  LamB/YcsF family protein  47.28 
 
 
254 aa  197  1e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.631285  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
257 aa  196  4e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2950  LamB/YcsF family protein  46.44 
 
 
254 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.815554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3084  LamB/YcsF family protein  46.44 
 
 
254 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3034  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 
254 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.689834 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  41.63 
 
 
253 aa  192  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2425  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
274 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16977  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  46.19 
 
 
260 aa  192  4e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3039  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
274 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  41.98 
 
 
253 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  40.91 
 
 
255 aa  192  6e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  40.91 
 
 
255 aa  191  6e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  41.98 
 
 
253 aa  191  7e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3058  LamB/YcsF family protein  46.03 
 
 
254 aa  191  7e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0249954 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  41.98 
 
 
253 aa  191  7e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 
252 aa  191  7e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  41.98 
 
 
253 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  43.7 
 
 
250 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  43.7 
 
 
250 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  41.56 
 
 
253 aa  189  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  41.56 
 
 
253 aa  189  3e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  41.56 
 
 
253 aa  189  3e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  40.5 
 
 
255 aa  189  4e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  43.04 
 
 
252 aa  188  5e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3108  LamB/YcsF family protein  45.65 
 
 
245 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.316999  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  41.91 
 
 
252 aa  188  6e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  43.93 
 
 
254 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  44.86 
 
 
256 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  41.56 
 
 
253 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  44.44 
 
 
256 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  42.56 
 
 
256 aa  185  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  41.18 
 
 
254 aa  184  8e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2226  LamB/YcsF family protein  40.08 
 
 
254 aa  184  9e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  44.17 
 
 
256 aa  184  1e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  42.02 
 
 
255 aa  184  1e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  43.5 
 
 
255 aa  183  2e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1098  LamB/YcsF family protein  41.03 
 
 
253 aa  183  2e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.248626  normal  0.159804 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  40.25 
 
 
256 aa  183  2e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3378  LamB/YcsF family protein  43.72 
 
 
249 aa  181  8e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.544199  normal  0.571628 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0975  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 
250 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0323656  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  44.08 
 
 
255 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  39.75 
 
 
251 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  44.21 
 
 
256 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0870  LamB/YcsF family protein  43.7 
 
 
255 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>